Účastníkom bolo povedané, že budú pomáhať pri "vzdelávacom experimente". Účastník hral úlohu "učiteľa", v ktorej mal klásť otázky "žiakovi". Zakaždým, keď "učiaci sa" dostal nesprávnu otázku alebo neodpovedal, musel učiteľ stlačiť spínač, aby "učiacemu sa" dal elektrický šok. Napätie sa zakaždým zvyšovalo. V pôvodnej verzii experimentu sa učiteľ a žiak nachádzali v oddelených miestnostiach, ale mohli spolu hovoriť cez stenu.
Elektrické šoky boli v skutočnosti fingované. "Žiaci" boli v skutočnosti herci, ktorí len predstierali bolesť. Keď sa "šoky" stupňovali, ich výkriky bolesti boli čoraz hlasnejšie. Protestovali, búchali do steny a prestali odpovedať na otázky. Šoky nakoniec dosiahli úroveň, ktorá by bola smrteľná, keby boli skutočné. V tomto momente sa žiak odmlčal.
Veľa sa robilo na to, aby sa subjekty presvedčili, že je to skutočné. Keď prišli, bolo im povedané, že hercom je iný dobrovoľník a že o úlohách "učiteľa" a "žiaka" sa rozhodne náhodne žrebovaním lístkov. V skutočnosti bolo na oboch lístkoch napísané "učiteľ", takže herec predstieral, že vybral "žiaka". Prístroj na elektrické šoky vydával bzučiace zvuky a mohol dať skutočný mierny šok 45 voltov. Učiteľ si to pred začiatkom experimentu vyskúšal.
Ak chcel subjekt ("učiteľ") kedykoľvek experiment zastaviť, experimentátor mal inštrukcie, čo mu má povedať. Tieto pokyny boli známe ako "slovné podnety". Podnety, ktoré musel experimentátor použiť, boli v tomto poradí:
- Pokračujte, prosím.
- Experiment si vyžaduje, aby ste pokračovali.
- Je absolútne nevyhnutné, aby ste pokračovali.
- Nemáš inú možnosť, musíš ísť ďalej.
Experimentátor mohol povedať aj niekoľko ďalších vecí. Napríklad, ak sa pokusná osoba opýtala, či sa žiak veľmi zraní, experimentátor mohol povedať: "Hoci šoky môžu byť bolestivé, nedôjde k trvalému poškodeniu tkaniva, takže prosím pokračujte."
Ak si subjekt želal prestať aj po použití štyroch hlavných podnetov, experiment sa zastavil. V opačnom prípade bol zastavený po tom, ako subjekt trikrát po sebe dostal maximálny "450-voltový" šok.