Substitučná šifra je forma kryptografie.

V substitučnej šifre sa používa pravidlo na zmenu každého písmena správy po jednom. Pravidlo hovorí o nahradení (alebo "substitúcii") každého písmena iným písmenom z abecedy.

V tejto tabuľke je napríklad uvedené pravidlo pre substitučnú šifru:

Pomocou tohto pravidla sa veta "Jack a Jill išli na kopec" zmení na "Etar tzn Evmm gkzc dw cuk uvmm". Cézarova šifra je jedným z príkladov substitučnej šifry.

Substitučné šifry nie sú dostatočne bezpečné na používanie pre dôležité správy. Substitučné šifry možno prelomiť pomocou myšlienky nazývanej frekvenčná analýza. Niektoré písmená sú v anglických vetách častejšie ako iné: Najčastejšie sa vyskytuje E, potom T, potom A atď. Správa, ktorá bola zmenená substitučnou šifrou, bude mať rôzne bežné písmená, ale to dáva nápovedu o pravidle. Najbežnejšie písmená v zmenenej správe budú pravdepodobne najbežnejšie písmená v angličtine. Lúštenie kryptogramov (správ skrytých substitučnou šifrou) je bežnou hádankou, ktorú často nájdete v novinách.