V roku 2008 bolo v Japonsku 87 národných univerzít (国立大学, kokuritsu daigaku), 89 verejných univerzít a 580 súkromných univerzít. Národné univerzity majú v Japonsku spravidla dobrú povesť v oblasti vysokoškolského vzdelávania. Často je ťažšie dostať sa na ne ako na súkromné alebo verejné univerzity.
V roku 2004 sa národný univerzitný systém zmenil. Národné univerzity už neboli úplne verejné verejné a viac súkromné. Od roku 2004 sa každá národná univerzita stala osobitným typom korporácie. Nazývajú sa "národné univerzitné korporácie" (国立大学法人, kokuritsu daigaku hōjin). Teraz majú väčšiu slobodu a menšiu kontrolu zo strany vlády. Fakulty a zamestnanci už nie sú štátnymi zamestnancami (国家公務員, kokka kōmuin) a nepracujú pre Ministerstvo školstva, kultúry, športu, vedy a techniky.
Toto je úplný zoznam japonských štátnych univerzít:
- Aichi University of Education
- Akita University
- Lekárska univerzita Asahikawa
- Chiba University
- Ehime University
- Fukuoka University of Education
- Fukušimská univerzita
- Gifu University
- Vysoká škola pre pokročilé štúdiá
- Gunma University
- Hamamatsu University School of Medicine
- Hirosaki University
- Hirošimská univerzita
- Hitotsubashi University (bývalá Tokyo College of Commerce)
- Hokkaido University (bývalá Hokkaido Imperial University)
- Hokkaido University of Education
- Hyogo University of vzdelávania učiteľov
- Univerzita Ibaraki
- Iwate University
- Japonsko Advanced Institute of Science And Technology
- Joetsu University of Education
- Kagawa University
- Kagošima University
- Kanazawa University
- Technologický inštitút Kitami
- Kobe University
- Kochi University
- Kumamoto University
- Kjótsky technologický inštitút
- Kyoto University (bývalá Kyoto Imperial University)
- Kjótska univerzita vzdelávania
- Technologický inštitút Kjúšu
- Univerzita Kjúšu (bývalá Cisárska univerzita Kjúšu)
- Mie University
- Miyagi University of Education
- Technologický inštitút Muroran
- Nagaoka University of Technology
- Nagasaki University
- Technologický inštitút v Nagoji
- Nagojská univerzita (bývalá Nagojská cisárska univerzita)
- Nara Institute of Science and Technology
- Nara University of Education
- Nara ženská univerzita
- Naruto University of Education
- Národný inštitút pre postgraduálne politické štúdie
- Národný inštitút pre fitness a šport v Kanoyi
- Niigata University
- Obihiro University of Agriculture and Veterinary Medicine
- Ochanomizu University
- Oita University
- Okayama University
- Osaka Kyoiku University
- Osaka University (bývalá Osaka Imperial University)
- Otaru University of Commerce
- Univerzita Saga
- Saitama University
- Shiga University
- Shiga University of lekárskej vedy
- Shimane University
- Shinshu University
- Shizuoka University
- Tohoku University (bývalá Tohoku Imperial University)
- Tokijská univerzita Gakugei
- Tokijský technologický inštitút
- Tokijská lekárska a zubná univerzita
- Tokijská poľnohospodárska a technická univerzita
- Tokijská univerzita zahraničných štúdií
- Tokijská univerzita morských vied a technológií
- Tokijská národná univerzita výtvarných umení a hudby
- Tottori University
- Toyohashi University of Technology
- Technická univerzita v Tsukube
- Univerzita elektro-komunikácií
- Univerzita Fukui
- Univerzita Miyazaki
- Univerzita Rjúkjú
- University of Tokushima
- Tokijská univerzita (bývalá Tokijská cisárska univerzita)
- Univerzita Toyama
- Univerzita Tsukuba
- Univerzita Yamanashi
- Utsunomiya University
- Wakayama University
- Yamagata University
- Yamaguchi University
- Jokohamská národná univerzita
Japonská vláda založila Otvorenú univerzitu Japonska a Okinawský inštitút vedy a techniky. Podporuje ich aj finančne. Tieto dve univerzity však nie sú národnými univerzitami, sú to súkromné univerzity.