Fluorescenčný mikroskop je optický mikroskop, ktorý využíva fluorescenciu a fosforescenciu na štúdium organických alebo anorganických látok. "Fluorescenčný mikroskop" je akýkoľvek mikroskop, ktorý využíva fluorescenciu na vytvorenie obrazu. To platí bez ohľadu na to, či ide o jednoduchšiu zostavu alebo zložitejšiu konštrukciu.
Väčšina fluorescenčných mikroskopov, najmä tých, ktoré sa používajú v prírodných vedách, má epifluorescenčnú konštrukciu znázornenú na obrázku. Svetlo excitačnej vlnovej dĺžky osvetľuje vzorku cez objektív. Fluorescencia vyžarovaná vzorkou sa sústredí na detektor. Dichroický rozdeľovač lúčov funguje ako filter špecifický pre vlnovú dĺžku, ktorý prepúšťa fluorescenčné svetlo do okuláru alebo detektora, ale odráža zvyšné excitačné svetlo späť k zdroju.
