Manaforta vyšetrujú viaceré federálne úrady. Federálny úrad pre vyšetrovanie (FBI) ho údajne aktívne vyšetruje od roku 2014 v súvislosti s obchodnými transakciami na Ukrajine. Je tiež záujmovou osobou v kontrarozviedke FBI, ktorá sa zaoberá zasahovaním Ruska do volieb v Spojených štátoch v roku 2016 a ktorú vedie Robert Mueller.
Zatknutie
Manafort sa 30. októbra 2017 vzdal FBI po tom, ako sa objavila správa, že ho obvinila veľká federálna porota. Manaforta obvinili zo sprisahania proti Spojeným štátom, sprisahania s cieľom prania špinavých peňazí, nepodania správ o zahraničných bankových a finančných účtoch, z toho, že bol neregistrovaným agentom zahraničného zadávateľa, z nepravdivých a zavádzajúcich vyhlásení FARA a z nepravdivých výpovedí.
Dňa 15. júna 2018 bola Manafortovi zrušená kaucia a bol poslaný do väzenia kvôli obvineniam z marenia spravodlivosti a ovplyvňovania svedkov, ku ktorým malo dôjsť počas jeho domáceho väzenia. V prípade týchto ďalších obvinení sa vyhlásil za nevinného a od júna 2018 v súčasnosti čaká na súd.
Odsúdenie
V utorok 21. augusta 2018 bol Manafort odsúdený za päť daňových podvodov, dva bankové podvody a jedno neoznámenie zahraničných bankových účtov. Porota usvedčila Manaforta celkovo v 8 z 18 bodov obžaloby a v ďalších 10 bodoch obžaloby uviedla, že je nerozhodná (okresný sudca USA T. S. Ellis III vyhlásil v týchto bodoch obžaloby súdny proces za zmätočný).
