Shinya Yamanaka (narodený 4. septembra 1962 v Osake) je japonský lekár. Spolu s Johnom Gurdonom získal Nobelovu cenu za fyziológiu alebo medicínu za rok 2012. Wolfovu cenu za medicínu získal v roku 2011 spolu s Rudolfom Jaenischom; a Miléniovú cenu za technológie v roku 2012 spolu s Linusom Torvaldsom.

Venuje sa výskumu dospelých kmeňových buniek. Je riaditeľom Centra pre výskum a aplikáciu iPS buniek a profesorom na Ústave hraničných lekárskych vied na Kjótskej univerzite. Je tiež vedúcim výskumným pracovníkom v Inštitútoch J. Davida Gladstona v San Franciscu v Kalifornii, ktoré sú súčasťou UCSF; a profesorom anatómie na Kalifornskej univerzite v San Franciscu (UCSF). Yamanaka je aj súčasným prezidentom Medzinárodnej spoločnosti pre výskum kmeňových buniek (ISSCR).