Región Bourgogne-Franche-Comté je šiesty najväčší región Francúzska s rozlohou 47 783,3 km²2. Nachádza sa na severovýchode Francúzska a na severe hraničí s regiónom Grand Est, na západe s regiónmi Île-de-France a Centre-Val de Loire, na juhu s regiónom Auvergne-Rhône-Alpes a na východe so Švajčiarskom (kantóny Vaud, Neuchâtel a Jura).
Vzdialenosti z Besançonu, hlavného mesta regiónu, do ostatných miest sú:
- Paríž, hlavné mesto krajiny, 410 km;
- Bordeaux, 729 km;
- Toulouse, 762 km;
- Marseille, 538 km;
- Lyon, 227 km;
- Montpellier, 523 km;
- Nice, 694 km.
Rieky
Hlavnými riekami regiónu sú Saôna a jej prítok Doubs. Rieka Loira preteká juhozápadnou časťou regiónu pri meste Nevers. Rieka Seina pramení v departemente Côte-d'Or.
Hory
V regióne sa nachádzajú tri hlavné pohoria:
- Pohorie Vogézy sa nachádza na severovýchode regiónu a jeho najvyšším bodom v Bourgogne-Franche-Comté je Ballon de Servance s výškou 1 216 m.
- Pohorie Jura sa rozprestiera pozdĺž východnej hranice, tu sa nachádza Crêt Pela, najvyšší bod v Bourgogne-Franche-Comté s 1 495 m.
- Pohorie Morvan sa nachádza v strede západnej časti, jeho najvyšším bodom je Haut-Folin, vysoký 901 m.
Crêt Pela (46°24′50″ s. š. 6°1′19″ v. d. / 46.41389° s. š. 6.02194° v. d. / 46.41389; 6.02194 (Crêt Pela)) s výškou 1 495 m je najvyšším vrchom regiónu Bourgogne-Franche-Comté. Nachádza sa v pohorí Jura.
Najvyššie body jednotlivých departementov regiónu Bourgogne-Franche-Comté sú:
| Oddelenie | Mountain | Výška |
| Zlaté pobrežie | Mont de Gien | 721 m (2 365 stôp) |
| Doubs | Mont d'Or | 1 461 m (4 793 stôp) |
| Jura | Krét Pela | 1 495 m (4 905 stôp) |
| Nièvre | Mont Préneley | 855 m (2 805 stôp) |
| Haute-Saône | Ballon de Servance | 1 216 m (3 990 stôp) |
| Saône-et-Loire | Haut-Folin | 901 m (2 956 stôp) |
| Yonne | Bois de la Pérouse | 607 m (1 991 stôp) |
| Territoire de Belfort | Ballon d'Alsace | 1 247 m (4 091 stôp) |