Guvernérstvo štátu Bayelsa
Jonathan začal svoju politickú kariéru v roku 1998, keď vstúpil do Ľudovej demokratickej strany (PDP). Jonathan, ktorý bol zástupcom guvernéra štátu Bayelsa, vystriedal guvernéra Diepreye Alamieyeseigha, ktorého zhromaždenie štátu Bayelsa zbavilo funkcie po tom, ako bol v Spojenom kráľovstve obvinený z prania špinavých peňazí. V septembri 2006 bola Jonathanova manželka obvinená národnou agentúrou pre boj proti trestnej činnosti, Komisiou pre hospodársku a finančnú kriminalitu (EFCC), z trestných činov súvisiacich s praním špinavých peňazí.
Prezidentské preteky
V decembri 2006 bol Jonathan vybraný za protikandidáta Umaru Yar'Aduaovi v prezidentských voľbách v apríli 2007. Dňa 20. apríla 2007, krátko pred prezidentskými voľbami, došlo k násilnému útoku militantov. Polícia uviedla, že ľudia sa pokúsili Jonathana zabiť. To sa však nakoniec nestalo.
Podpredsedníctvo
Po víťazstve PDP vo voľbách, ktoré niektorí ľudia nepovažovali za spravodlivé, vyhodili 16. mája militanti do vzduchu Jonathanovo vidiecke sídlo v Otu-Eke v štáte Bayelsa; pri útoku zahynuli dvaja policajti. Jonathan tam v tom čase nebol.
Úradujúci predseda
Prezident Umaru Yar'Adua odišiel 23. novembra 2009 z Nigérie na lekárske ošetrenie. Neplánoval, že by niekto prevzal jeho povinnosti. Dňa 13. januára 2010 federálny súd udelil viceprezidentovi Jonathanovi právomoc vykonávať štátne záležitosti počas pokračujúcej neprítomnosti prezidenta. Najvyšší súd Nigérie 22. januára 2010 rozhodol, že Federálna výkonná rada (FEC) má 14 dní na to, aby rozhodla, či prezident Yar'Adua "nie je schopný vykonávať funkcie svojho úradu". V celonárodnom prejave vo februári 2010 Jonathan vyzval všetkých Nigérijčanov, aby odložili náboženské a etnické rozdiely a spolupracovali v prospech spoločného dobra. Jonathan povedal: "Udalosti nedávnej minulosti podrobili skúške naše spoločné odhodlanie ako demokratického národa." "Som rád, že náš národ preukázal odolnosť a jednotu v cieľoch.
Dňa 9. februára 2010 Senát rozhodol, že prezidentské právomoci by sa mali odovzdať podpredsedovi. Ten bol vymenovaný za úradujúceho prezidenta so všetkými sprievodnými právomocami, kým a či sa Yar'Adua vráti do plného zdravia. Opoziční právnici a zákonodarcovia nazvali toto odovzdanie moci "prevratom bez slova". Nigérijská ústava vyžaduje písomný list od prezidenta, v ktorom sa uvádza, že nie je schopný vykonávať svoju funkciu, alebo že kabinet vyšle lekársky tím, aby ho vyšetril, ale toto ustanovenie zjavne nebolo splnené, čo vyvoláva pochybnosti o ústavnosti tohto kroku.
