Ekologická genetika je štúdium genetiky a evolúcie v prírodných populáciách.

To je v kontraste s klasickou genetikou, ktorá sa zaoberá najmä krížením laboratórnych kmeňov, a analýzou sekvencií DNA, ktorá skúma gény na molekulárnej úrovni.

Výskum v oblasti ekologickej genetiky sa zameriava na znaky súvisiace s fitness, ktoré ovplyvňujú prežitie a reprodukciu organizmu. Príkladmi môžu byť: doba kvitnutia, odolnosť voči suchu, polymorfizmus, mimikry, obrana proti predátorom.

Výskum zvyčajne zahŕňa kombináciu terénnych a laboratórnych štúdií. Vzorky prírodných populácií sa môžu odviezť do laboratória na analýzu ich genetickej variability. Zaznamenajú sa zmeny v populáciách v rôznych časových obdobiach a na rôznych miestach a preskúma sa štruktúra úmrtnosti v týchto populáciách. Výskum sa často vykonáva na hmyze a iných organizmoch, ktoré majú krátky generačný čas.