Príbeh sa má odohrávať v polovici 14. storočia v Janove. Janov (po taliansky Genova) je dnes mesto v Taliansku, ale v tých časoch Taliansko ešte nebolo jednou krajinou a Janov, podobne ako Benátky, bol malou republikou, ktorej vládol dóža (v angličtine sa vyslovuje "Doadz". Je to talianske slovo, ktoré znamená "vojvoda"). Až do čias tohto príbehu bol dóža vždy vyberaný spomedzi bohatých patricijov. Obyčajní, prostí ľudia (plebejci), nemohli byť za dóžu zvolení.
Na začiatku príbehu je Fiesco janovským dóžom. Má dcéru Máriu. Mária sa zamilovala do Simona Boccanegru, ktorý je plebejcom, takže by nebol dosť dôležitý na to, aby sa s ňou mohol oženiť, hoci sa stal hrdinom, pretože bojoval s množstvom pirátov. Simon a Mária mali dieťa, mladé dievča. Po jej narodení ju dali starej žene, aby sa o ňu starala, ale jedného dňa stará žena zomrela a malé dieťa sa zatúlalo samo. Pri brehu mora ju našiel potulovať sa gróf Grimaldi, ktorý sa jej ujal a staral sa o ňu ako o vlastné dieťa.
Nikto nevie, čo sa dieťaťu stalo. Gróf Grimaldi nevie, kto to je. Myslí si, že je sirota.
Prológ
Na začiatku opery Paolo, vodca plebejskej strany, presviedča Pietra, aby plebejcov povzbudil, aby volili Simona Boccanegru za nového janovského dóžu. Boccanegra príde a súhlasí, že ak bude zvolený, stane sa dóžom. Šimon si myslí, že to Fiesca prinúti, aby mu dovolil oženiť sa s Máriou. Posledné tri mesiace Fiesco zamkol svoju dcéru v paláci, pretože mala so Simonom dieťa.
Mária zomiera (v opere ju nikdy neuvidíme). Fiesco teraz oplakáva smrť svojej dcéry. Simon prosí Fiesca, aby mu odpustil. Fiesco mu nepovie, že Maria práve zomrela. Sľúbi mu, že mu odpustí, len ak mu Simon dovolí mať jeho vnučku. Simon mu vysvetľuje, že nemôže, pretože dieťa zmizlo. Vchádza do Máriinej izby a zisťuje, že je mŕtva. Ľudia radostne spievajú, pretože Šimon je nový dóža.
Akt 1
Príbeh prvého dejstva sa odohráva o 25 rokov neskôr. Simon je stále dóža. Mnohých svojich nepriateľov poslal do vyhnanstva a odobral im majetok. Jedným z vyhnancov je aj gróf Grimaldi. Na hrade Grimaldiovcov si Fiesco hovorí Andrea Grimaldi, aby ľudia nevedeli, kto je. Sprisahá sa so Simonovými nepriateľmi, aby ho zvrhli. Nevie, že jeho vnučka (Simonova dcéra) je mladá dáma menom Amelia Grimaldiová, ktorá žije na hrade.
Na začiatku prvého dejstva vidíme Ameliu, ako spieva krásnu pieseň o ráne, mori a hviezdach. Má milenca, Gabrieleho Adorna. Keď príde, varuje ho pred nebezpečenstvom politického sprisahania. Prináša správu, že prichádza dóža. Amélia sa obáva, že ju dóža prinúti vydať sa za Paola, preto požiada Gabrieleho, aby okamžite požiadal Andreu (ktorý je v skutočnosti Fiesco) o povolenie na ich sobáš. Fiesco súhlasí. Povie Gabriele, že to bola chudobná sirota, ktorú našli (neuvedomuje si, že je to jeho vnučka). Gabriele povie, že ho to nezaujíma, a tak Fiesco manželstvu požehná.
Vstúpi Simon. Povie jej, že grófovi Grimaldimu je odpustené a môže sa vrátiť domov. Spýta sa jej, či sa chce vydať za Paola, ale ona odmietne. Povie mu, že je sirota, a ukáže mu medailón s fotografiou svojej matky. Simon si uvedomí, že Amélia je jeho dávno stratená dcéra. Sú veľmi šťastní, že sa našli. Keď Paolo vstúpi, Simon mu povie, že si ju nemôže vziať. Paolo sa rozzúri a rozhodne sa Ameliu uniesť.
V ďalšej scéne vidíme Šimona obklopeného plebejskými a patricijskými členmi rady. Diskutujú o tom, či majú uzavrieť mier s Benátskou republikou. Zrazu vstúpi dav, ktorý kričí, aby Šimona zabili. Prenasledujú Gabriela. Gabriele sa prizná, že zabil Lorenzina za pokus o únos Amélie. Keď Lorenzino umieral, povedal, že mu dôležitá osoba povedala, aby ju uniesol. Adorno sa dovtípi, že únos musel nariadiť Simon. Chystá sa naňho zaútočiť, keď sa Amélia vrhne do boja a zastaví ho Simon, ktorý Gabrieleho zatkne. Uvedomí si, že skutočným únoscom musí byť Paolo, a prinúti všetkých (vrátane Paola), aby ho prekliali. Simon a jeho dcéra zostávajú na konci predstavenia na javisku sami.
Akt 2
Paolo je vystrašený. Rozzúri sa na Simona a rozhodne sa, že ho musí otráviť. Privedie Fiesca a Gabriele. Fiescovi povie, že môže byť voľný, ak zavraždí Simona. Fiesco to odmietne. Práve keď sa Fiesco a Gabriele chystajú odísť, Paolo sa Gabrieleho spýta, či vie, že Amélia je tu v paláci a má pomer so Simonom. Gabriele je rozzúrený. Keď Amélia vstúpi, popiera túto historku. Povie Gabrielemu, že ho miluje, a snaží sa ho presvedčiť, aby odišiel, ale Simon prichádza a Gabriele sa schová.
Amelia povie Simonovi, že by za Gabrielu zomrela. Simon súhlasí, že mu odpustí. Napije sa z otráveného pohára vína, ktorý Paolo položil na stôl, a zaspí. Gabriele sa ho pokúsi zabiť, ale Amélia ho zastaví. Simon sa prebudí. Povie Gabrielemu, že Amelia je jeho dcéra. Gabriele prosí Simona o odpustenie a sľubuje, že bude za neho bojovať.
Akt 3
Koná sa vo veľkej sále s výhľadom na prístav. Fiesco bol prepustený na slobodu, ale Paolo je odsúdený na smrť za vedenie povstania proti dóžovi. Paolo povie Fiescovi, že otrávil Simona. Fiesco ide k Simonovi, ktorý teraz umiera (jed pôsobí pomaly). Simon spozná svojho starého nepriateľa, ktorého považoval za mŕtveho. S radosťou mu povie, že Amélia je jeho dávno stratená vnučka. Fiesco je strašne smutný a povie Simonovi o jede. Gabriele a Amelia sa práve vzali. Zistia, že jej otec a starý otec sú teraz priatelia. Simon požiada Gabriele, aby sa po jeho smrti stala ďalším dóžetom. Fiesco ide k oknu a oznámi davu, že Gabriele Adorno je teraz nový dóža a že Simon Boccanegra je mŕtvy.
