Dejová línia hry Bionicle z rokov 2001 - 2008 sa odohrávala vo svete vedeckej fantasy, ktorý obývajú prevažne čiastočne organické a čiastočne strojové bytosti v podzemnom svete, ktorý existuje v masívnych dómoch pod zemou. Tento svet (nazvaný "Matoranský vesmír") a jeho rasy kedysi chránil Veľký duch menom Mata Nui, kým ho zlý Makuta Teridax a Bratstvo Makuty neuvrhli do večného spánku. Svet Matoranov sa začal rúcať. Ale maska života, ktorá bola uložená v Mata Nui, bola vyslaná do vesmíru, aby našla novú planétu. Maska pristála na planéte Bara Magna a maska vytvorila malé telo.
V roku 2009 sa začala úplne nová sága príbehovej línie, ktorá opustila predchádzajúce roky a vydala sa v ústrety novým možnostiam, keď Mata Nui po vyhnaní Makutou Teridaxom stroskotala na záhadnej pustej planéte s názvom Bara Magna. Tu sa stáva stredobodom príbehu a získava nových spojencov, keď sa snaží nájsť spôsob, ako zachrániť Matoranov a Toa pred tyranskou vládou Makuty Teridaxa.
2001 - Hľadanie masiek
Príbeh začína šiestimi Toa Mata: Tahu, Lewa, Gali, Kopaka, Pohatu a Onua prichádzajú na ostrov známy ako ostrov Mata Nui a okrem svojich mien si nič iné nepamätajú. Zistili, že obyvatelia, dedinčania Matoran, čelia neustálym útokom infikovaných Rahi, divokých beštií ovládaných mocným vplyvom Makuty Teridaxa pomocou masiek infikovaných Kanohi, čo spôsobilo vojnu, ktorá trvala asi 1000 rokov. Po hľadaní a nájdení mnohých masiek Kanohi dostane každý Toa zlatú masku Kanohi s obrovskou mocou a vyhľadá samotného Makutu. Po tom, čo sa Toa postavia zúrivým krabom Manas a Tieňovým Toa (zlým dvojníkom podobným iluzórnym kópiám Toa ), sa Toa postavia Makutovi a porazia ho spojením svojich elementárnych síl.
2002 - Roje Bohrok
Po jeho porážke Makuta vypustil prastarého Bohroka. Bohrok sú robotické drony, ktoré boli navrhnuté na "vyčistenie" ostrova Mata Nui do stavu "pred časom". Bohroky začali rozbíjať dediny na ostrove a nútili Matoranov utiecť. Jeden vynaliezavý Matoran zo Zeme, Nuparu, zostrojí výkonné vozidlo Boxor, vyrobené z častí poškodeného Bohroka, aby mohol bojovať proti roju. Toa, ktorí nevedeli o účele Bohroka, zozbierali Krany Bohroka (masky podobné bytostiam, ktoré fungujú ako ich mozgy), aby sa postavili kráľovnám Bohroka, Bahragovcom: Cahdok a Gahdok. Porazení Cahdok a Gahdok sú uzavretí vo väzení vytvorenom živelnými silami Toa. Toa Mata sú potom vystavení látke zvanej Energizovaná protodermis, ktorá ich premení a poskytne im nové brnenie a zbrane. Premenovali sa na Toa Nuva.
2003 - Stávka Bohrok-Kal a maska svetla
Keď sú Cahdok a Gahdok porazení, roje Bohrok sú zastavené a vrátia sa do svojich úľov. Objavilo sa však šesť nových elitných Bohrokov, nazývaných Bohrok-Kal, s cieľom oslobodiť Bahraga. Potom pokračovali v krádeži schopností Toa Nuva, ktoré sú kľúčom k prelomeniu pečate. Na pokraji porážky Toa prinútili Bohrok-Kal, aby do nich vložili všetky svoje sily, čím ich preťažili a porazili.
Krátko nato dvaja Matorani, Takua a Jaller, objavili masku svetla Kanohi. Dostali za úlohu cestovať po ostrove Mata Nui a nájsť Toa Svetla. Makuta medzitým vytvoril a vyslal šesť tvorov nazývaných Rahkshi, aby našli masku a zastavili príchod Toa Svetla. Rahkshi sa prehnali cez Mata Nui a zničili dediny Ta-Koro a Onu-Koro. Toa Rahkshi zastavili, ale nie skôr, ako zabili Jallera. Jallerova smrť spôsobila, že Takua si uvedomil, že je Toa Svetla, a nasadil si masku a stal sa Toa Takanuva. Takanuva sa vydal konfrontovať Makutu a počas ich súboja obaja spadli do kaluže energetizovanej protodermy, striebornej látky s mocou zmeniť alebo zničiť bytosť, a splynuli spolu do bytosti Takanuva. Takutanuva potom pokračoval v otváraní dverí do mesta Metru Nui a umožnil Matoranom a Toa prejsť. Pomocou časti svojej životnej energie oživil Jallera, pričom stále držal dvere otvorené. Použitie energie však bolo príliš veľké a dvere Takutanuvu rozdrvili, čím zrejme zabili Takanuvu aj Teridaxa a zanechali len Takanuvovu Masku svetla. Takanuva bol okamžite oživený, keď bola jeho maska použitá na aktiváciu majáka na Metru Nui. Potom sa Matorani pripravili na návrat do ostrovného mesta Metru Nui.
2004 - Legendy o Metru Nui
Keď sa Matorania pripravovali na cestu na Metru Nui, Turagovia (starší dediny) prezradili, že kedysi boli Toa a bojovali na Metru Nui proti hrozbám, akými boli rastlinné stvorenie Morbuzakh a Vahkiovské donucovacie oddiely ovládané Dumeom. Ako Matoranov ich na Toa Metru premenili kamene Toa obsahujúce silu, ktoré obetoval Toa Lhikan. Ich úlohou bolo nájsť šesť Veľkých diskov a poraziť Morbuzakh, rastlinnú hrozbu, ktorá hrozila zničením mesta. Keď sa im to však podarilo, zradil ich Dume, Turaga mesta. Neskôr zistili, že Makuta Teridax sa prezliekol za Dumeho a prevzal kontrolu nad Vahkami (robotmi na presadzovanie zákona). Jeho plánom bolo uspať Matoranov, vymazať im spomienky a znovu ich prebudiť "ako ich dobyvateľa". Toa utiekli, ale napadol ich Teridax. Spojením svojich elementárnych síl sa im podarilo Teridaxa uzavrieť vo väzení z kryštalizovanej protodermy. Toa odcestovali na nový ostrov, ktorý bol neskôr známy ako Mata Nui, a sľúbili, že sa vrátia, aby zachránili Matoranov.
2005 - Sieť tieňov
Vracajú sa. Na ostrove však vládne zlý kráľ Sidorak a jeho zástupca Roodaka so zákernými pavúkovitými bytosťami nazývanými Visorak. Toa boli čoskoro zajatí a zmutovaní na beštiálnych Toa Hordika. Aby sa Toa vrátili do normálneho stavu, vyhľadali legendárneho Rahi Keetongu. Toa Vakama však zradil ostatných Toa a pridal sa k Sidorakovi, ktorý z neho urobil vodcu Visorakov. Ostatní Toa sa vo veľkej bitke postavili horde Visorakov a presvedčili Vakamu, aby sa k nim vrátil. Vakama potom nariadil, aby sa Visorakovia oslobodili. Keetongu potom zabil Sidoraka, ktorého Roodaka a Vakama zradili. Šesť Toa potom porazilo Roodaka všetkými šiestimi svojimi živelnými silami. To však malo vedľajší účinok v podobe oslobodenia Makutu, pretože Roodaka mal pri sebe fragment jeho väzenia. Toa ju z tohto dôvodu zasiahli. Po obnovení Keetongu Toa Metru priviedli Matoranov na nový ostrov. Keď obetovali svoju silu na prebudenie Matoranov, stali sa z nich Turagovia a neskôr na tomto ostrove s názvom Mata Nui založili nové dediny.
2006 - Ostrov skazy
Toa Nuva sa dozvedeli, že Mata Nui nielen spí, ale aj umiera. Aby ho zachránili, musia sa vydať na ostrov Voya Nui a hľadať tajomnú Kanohi Igniku, Masku života. Toa Nuva sa vydávajú na toto dobrodružstvo, ale rýchlo ich zajme šesť nových a mocných nepriateľov, Pirakov: Zaktann, Hakann, Vezok, Thok, Reidak a Avak. Tí hľadali masku pre svoje vlastné temné ciele. Keď sa Toa nevrátili, skupina šiestich Matoranov sa vydala za nimi. Jaller, Hahli, Hewkii, Nuparu, Kongu a Matoro utiekli na ostrov v kanistroch Toa, ale počas cesty ich blesky svetla z Červenej hviezdy premenili na Toa Inika. Po príchode sa dozvedia o Pirake a o tom, ako zotročili miestnych Matoranov tým, že sa vydávali za falošných Toa, aby Matoranov prinútili postaviť im pevnosť. S pomocou malého odporu Matoranov a starobylého strážcu Axonna sa Toa Inika podarilo oslobodiť Toa Nuva, nájsť chrám masky a bojovať proti Pirake, ako aj ďalším tvorom, ktoré ho strážili. Nakoniec z toho vyšli víťazne spolu s Kanohi. Maska života však mala vlastnú vôľu a v poslednej chvíli sa im všetkým vyhla a vrhla sa do morských hlbín.
2007 - More temnoty
Po naháňačke za Maskou života sa Toa Inika spustili do vody po tom, čo dostali záhadnú nápovedu "zachráňte potopené mesto" od neznámeho Matorana, ktorý zachránil Hahliho pred utopením za cenu toho, že zomrel na dekompresnú chorobu.Výbuch energie z Masky života premenil Toa Inika na formy dýchajúce vodu. Objavili obývanú dedinu Mahri Nui, ktorá sa pred tisíc rokmi odtrhla od Voya Nui a potopila sa. Dedinu ohrozovali starovekí bojovníci známi ako Barraki, ktorých zmutovali neďaleké mutagénne vody nazývané "Jama". Toa, teraz známi ako Toa Mahri, sa postavili Barrakiom, aby prežili. Kým však Toa získali masku, Veľký duch zomrel. Keď si Toa Matoro uvedomil, že stále existuje nádej, ponáhľal sa do jadra vesmíru a obetoval svoj život, aby oživil Mata Nui. V posledných chvíľach svojho života Toa Matoro použil silu masky, aby teleportoval Toa Mahri späť na Matu Nui a umožnil im opäť dýchať vzduch. Život Veľkého ducha bol zachránený, ale ešte ho bolo treba prebudiť.
2008 - Záverečná bitka
Po tom, čo im Artakha dal nové brnenie a zbrane, dorazili Toa Nuva na Karda Nui, do jadra vesmíru. Tam sa stretli s Makutami, ktorí sa snažili premeniť populáciu Av-Matoranov - Matoranov svetla - na Matoranov tieňa. Toa Nuva pomohol príchod Takanuva, ktorý teraz dokáže ovládať Svetlo a Tieň vďaka útoku pijavice tieňa, a Toa Ignika, ktorý je samotnou Maskou života. Kanohi Ignika si vytvoril telo, pretože chcel zistiť, aké je to byť živou bytosťou. Spoločnými silami sa dostali k stavbe v centre Karda Nui zvanej Codrex, kde Toa Ignika musel obetovať svoje nové telo, aby prebudil Mata Nui. Takanuva s pomocou zvyšných nepoškodených Av-Matoranov vrátil Tieňovým Matoranom ich predchádzajúci stav. Krátko nato Toa utiekli z jadra skôr, ako ich mohla zničiť energetická búrka spôsobená prebudením Mata Nui. Makutom sa však nepodarilo uniknúť a všetci zahynuli. Späť na Metru Nui sa oslavovalo prebudenie Mata Nui, ale oslavy boli prerušené, keď sa ukázalo, že Teridax prevzal telo Mata Nui, odhalené ako vesmír Matoranov. Uväznul ducha Mata Nui v Maske života a poslal ho letieť do vesmíru, aby bývalý Veľký duch nemohol zasahovať do jeho kontroly nad vesmírom.
2009 - Znovuzrodená legenda
Príbeh Bionicle pokračuje po tom, čo Makuta Teridax vyhnal Mata Nuiho z jeho tela na planétu Bara Magna. S výnimkou niekoľkých voľne žijúcich druhov je Bara Magna neúrodná púštna planéta, ktorá podporuje len málo zdrojov, takže každý kmeň na planéte má niekoľko bojovníkov, nazývaných Glatorian, ktorí za nich bojujú. Tieto zdroje, ako napríklad potraviny a voda, sa podľa toho rozdeľujú. Dedinčania tohto sveta sú známi ako Agori. Agoriovia spolu tvoria šesť rôznych kmeňov, z ktorých každý je spojený s určitým regiónom. Po tom, čo Maska života pristane na Bara Magne, vytvorí telo, ktoré bude Mata Nui používať. Mata Nui sa potom spojí s niekoľkými Glatorianmi, aby porazili spojené sily Skralov a Lovcov kostí, dvoch hlavných hrozieb pre dediny, a hľadajú spôsob, ako sa vrátiť do svojho tela. S pomocou svojich nových glatorianských a agorijských priateľov odhalí zradcu známeho ako Metus a porazí Skralla a Lovcov kostí. Pomôže dedinám sveta zjednotiť sa, vezme všetky obrovské kusy robotov a spojí ich do veľkého prototypu robotického tela, tela podobného tomu, v ktorom sídli Matoranský vesmír.
2010 - Koniec cesty
Po porážke Skralla a zjednotení ostatných dedín sa Mata Nui postaví výzve vziať si späť svoje staré telo od Teridaxa. Dozvedá sa, že ho stvorili Veľké bytosti na planéte Spherus Magna, ktorá je teraz rozdelená na mesiac džungle (Bota Magna), oceánsky mesiac (Aqua Magna) a zvyšnú púštnu planétu (Bara Magna) v dôsledku vojny o jadro. Mata Nui sa tiež dozvie, že pred jeho vznikom existoval predchádzajúci robot, ktorý Agoriovia používajú ako svoj domov. Agori z Tesary menom Tarduk pomôže Mata Nuiovi tým, že mu ukáže starobylý zdroj energie, ktorý by mohol poháňať starého robota.
Na tejto poslednej ceste sa dvaja hrdinovia vrátia, aby dokončili boj: Tahu, ktorý sa vrátil do svojej pôvodnej podoby a nosí mocné zlaté brnenie, a Takanuva. Pomáha im Greš. Bojujú proti Skakdiho vojvodcovi, Nektannovi, aby porazili Makutu a jeho armádu; hordy Rahkshiov vyzbrojených tepelným videním a Skralla.
Príbeh pokračuje, keď sily Matoranského vesmíru aj Glatorianu čelia blížiacemu sa útoku Skakdi, Rahkshi a Skrallov. Zlaté brnenie, rozhádzané Makutovým výbuchom, zbierajú Tahu, Greš a Takanuva od mnohých nepriateľov. Tahu porazí skakdského vojvodcu Nektanna a potom si nasadí brnenie, ktoré spáli každého Rahkshiho Kraata na Bara Magne.
Teridax tvrdí, že gravitačnou energiou zničí Bara Magnu, až kým Mata Nui nevytlačí jeho ruku nahor, čím Teridax vyšle energetickú vlnu na mesiace nad ním. Mata Nui zatlačí Teridaxa späť do jedného z nabiehajúcich mesiacov, zeleného mesiaca Bota Magna, ktorého náraz zničí jeho jadrový procesor, čo Teridaxa zabije. Mata Nui potom v duchu oplakáva brata, ktorého mohol mať.
Finále sa končí, keď Mata Nui využije svoju silu a moc Masky života, aby opäť spojil Spherus Magna, vyliečil tých, ktorí zmutovali v dôsledku Pit Mutagenu, vrátil na planétu život a obnovil zničené geografické prvky. Napätie spôsobí, že sa jeho energetické jadro rozptýli a zničí prototyp robota. Keď Glatorian a Toa objavia Ignika nepoškodeného na mieste, kde bol Mata Nui, Mata Nui k nim prehovorí z Masky života. Povie im, že budúcnosť je ich vlastná a oni ju majú budovať. Potom zostáva v Ignike nečinný. Agoriovia, Matorani, Toa, Glatorian a všetci ostatní začínajú nový život na Spherus Magna.
Budúcnosť Bionicle
Hračkárska línia Bionicle sa skončila koncom roka 2009, po tom, čo boli dokončené sady na vydanie v roku 2010, a v lete 2010 ju nahradila Hero Factory, téma Lego, ktorá je kompatibilná so sadami Bionicle. Napriek tomu však príbeh pokračuje v seriáloch, ktoré píše Greg Farshtey online na stránke BIONICLEstory.com.
