Bol zvolený bez súťaže ako jediný kandidát a 3. decembra 1976 sa stal prezidentom Írska.
Po roku 1982 ho ľudia považovali za veľmi dobrého a čestného prezidenta. Dovtedy ho odpisovali ako nudného a nevýrazného. V roku 1982 Taoiseach, Garret FitzGerald z Fine Gael, prehral hlasovanie v Dáil Eireann. Doktor Fitzgerald požiadal o všeobecné voľby. Ako predseda nemusel súhlasiť a doktor Fitzgerald by musel odstúpiť. To znamenalo, že Dáil Éireann by mohol za Taoiseacha zvoliť Charlesa Haugheyho. Hillery si myslel, že najlepšie budú nové voľby, ale mnohí ľudia z prezidentovej vlastnej strany sa ho snažili presvedčiť o opaku.
Prezident Hillery sa odmietol rozprávať s politikmi opozičných strán, ale keď Charles Haughey, ktorý bol lídrom opozície, zavolal do prezidentskej kancelárie, pohrozil, že ukončí kariéru armádneho dôstojníka, ktorý odpovedal a na Hilleryho výslovný príkaz odmietol spojiť sa s prezidentom. Hillery na druhý deň zavolal náčelníkovi generálneho štábu írskej armády a ako vrchný veliteľ armády nariadil náčelníkovi generálneho štábu, aby zabezpečil, že žiadny politik nebude nikdy zasahovať do kariéry mladého armádneho dôstojníka.
V roku 1983 bol Hillery opäť zvolený bez námietok. Hillery odišiel z funkcie v roku 1990 (odslúžil maximálne dve funkčné obdobia), široko oceňovaný pre svoju bezúhonnosť, čestnosť a oddanosť povinnostiam. Do verejného života sa však vrátil v roku 2002 počas druhého referenda o Zmluve z Nice, keď vyzýval na hlasovanie za ňu. Referendum bolo úspešné.