Niektoré biologické procesy prebiehajú - alebo sa dajú simulovať - pomocou bunkových automatov.
Vzory niektorých mušlí sú generované prírodnými bunkovými automatmi. Príklady možno vidieť v rodoch Conus a Cymbiola. Pigmentové bunky sú v úzkom páse pozdĺž okraja mušle. Každá bunka vylučuje pigmenty v závislosti od aktivačnej a inhibičnej aktivity susedných pigmentových buniek, pričom sa riadi prirodzenou verziou matematického pravidla. Pás buniek zanecháva na ulite farebný vzor, pretože pomaly rastie. Napríklad rozšírený druh Conus textile nesie vzor pripomínajúci Wolframovo pravidlo 30 bunkového automatu.
Rastliny regulujú príjem a stratu plynov pomocou mechanizmu bunkového automatu. Každá stoma na liste funguje ako bunka.
Pohyblivé vlnové vzory na koži hlavonožcov možno simulovať pomocou dvojstavového dvojrozmerného bunkového automatu, pričom každý stav zodpovedá buď rozšírenému, alebo vtiahnutému chromatofóru.
Na simuláciu neurónov boli vynájdené prahové automaty, pomocou ktorých možno simulovať komplexné správanie, ako je rozpoznávanie a učenie.
Fibroblasty sú podobné bunkovým automatom, pretože každý fibroblast interaguje len so svojimi susedmi.
