Generálny guvernér Pakistanu bol v rokoch 1947 až 1952 stálym zástupcom kráľa Juraja VI. v Pakistane a potom kráľovnej Alžbety II. ("pakistanská kráľovná") od roku 1952 do roku 1956, keď bol Pakistan vyhlásený za republiku.
Keď sa Pakistan v roku 1947 stal nezávislým, samosprávnym štátom, podobne ako India po získaní nezávislosti dočasne naďalej používal zákon o vláde Indie z roku 1935 ako svoju písanú ústavu, kým sa nepodarilo vypracovať ústavu pre obdobie po získaní nezávislosti; štandardne sa v nej uvažovalo o pokračovaní konštitučnej monarchie ako domínia Spoločenstva národov.
Panovník vymenoval generálneho guvernéra na základe odporúčania pakistanského premiéra, ktorý de facto zastával funkciu hlavy štátu.
Muhammad Alí Džinnáh, považovaný za Quaid-e-Azam ("Veľký vodca"), informoval Louisa Mountbattena, 1. grófa Mountbattena z Barmy: "Džinnáh však kvôli svojmu rýchlo sa zhoršujúcemu zdravotnému stavu túto záležitosť označil za spornú: "Keď budem generálnym guvernérom, premiér urobí, čo mu poviem.
Po Džínnahovej smrti generálny guvernér Pakistanu naďalej plnil väčšiu úlohu, než stanovoval zákon o Indii, odvolal viacerých premiérov a upevňoval moc.
Úrad generálneho guvernéra bol nahradený úradom pakistanského prezidenta, keď sa Pakistan v roku 1956 stal republikou. Vtedajší generálny guvernér Iskander Mirza sa stal prvým prezidentom Pakistanu.
