SUNY riadi správna rada, ktorá pozostáva zo šestnástich členov, z ktorých pätnásť vymenúva guvernér so súhlasom senátu štátu New York. Šestnástym členom je predseda študentského zhromaždenia SUNY. Správna rada vymenúva kancelára, ktorý je hlavným výkonným riaditeľom SUNY. Kanclérkou SUNY je Nancy L. Zimpherová.
Štát New York pomáha financovať systém SUNY, ktorý spolu s CUNY poskytuje obyvateľom štátu lacnejšie vysokoškolské vzdelanie. Študenti SUNY prichádzajú aj z krajín mimo štátu a 171 zahraničných krajín. Študenti mimo štátu a zahraniční študenti platia vyššie školné ako študenti zo štátu New York. Hoci je školné pre týchto študentov, ktorí nemajú trvalý pobyt v štáte New York, vyššie, ich školné je dotované z peňazí daňových poplatníkov štátu New York.
V akademickom roku 2010/2011 sú náklady na školné na školách SUNY za vysokoškolské štúdium nižšie ako dve tretiny nákladov na väčšinu ostatných štátnych vysokoškolských inštitúcií v USA.Školné na Štátnej univerzite New York v Buffale za vysokoškolské štúdium je 7 772,75 USD za semester alebo 15 545,50 USD za rok pre študentov, ktorí nemajú trvalý pobyt v USA. Školné na University of Maryland pre študentov bez trvalého pobytu je 24 830,44 USD ročne. Školné pre nerezidentov na University of Oregon je 25 830,00 USD ročne.
V systéme SUNY existuje veľké množstvo vysokých škôl s určitým prekrývaním špecializácií medzi jednotlivými pracoviskami. SUNY rozdeľuje svoje kampusy do štyroch rôznych kategórií: univerzitné centrá/doktorandské inštitúcie, univerzitné vysoké školy, technologické vysoké školy a komunitné vysoké školy. SUNY má tiež jedinečný vzťah so svojimi štatutárnymi vysokými školami, ktoré začleňujú štátom financované vysoké školy do iných inštitúcií, ako sú Cornell University a Alfred University. Študenti na štatutárnych vysokých školách majú výhodu štátom dotovaného školného a zároveň majú k dispozícii všetky výhody univerzitného života hostiteľských inštitúcií.
SUNY a City University of New York sú úplne odlišné univerzitné systémy. (Obe sú však verejné inštitúcie, ktoré dostávajú finančné prostriedky od štátu New York.) SUNY si tiež netreba zamieňať s University of the State of New York (USNY), ktorá je vládnou organizáciou zastrešujúcou väčšinu inštitúcií súvisiacich so vzdelávaním a mnohých pracovníkov v oblasti vzdelávania (verejných aj súkromných) v štáte New York a ktorej súčasťou je aj Ministerstvo školstva štátu New York.
Zastúpenie študentov
V 70. rokoch 20. storočia študenti požiadali o zastúpenie v správnych radách vysokých škôl SUNY. V roku 1971 štátny zákonodarný zbor pridal do správnej rady Cornellovej univerzity päť členov s hlasovacím právom z radov študentov. V roku 1975 zákonodarca pridal do správnych rád všetkých jednotiek SUNY jedno miesto pre študentov bez hlasovacieho práva. Dve stanoviská generálneho prokurátora štátu New York obmedzili parlamentné práva študentských členov zúčastňovať sa na zasadnutiach. V týchto dokumentoch sa uvádzalo, že študentskí členovia v skutočnosti nie sú verejnými činiteľmi. Z tohto dôvodu generálny prokurátor uviedol, že študenti môžu byť za svoje rozhodnutia postavení pred súd. V roku 1977 sa ďalšou zákonnou novelou na študentských členov rád a správnych rád SUNY vzťahoval zákon o verejných činiteľoch NYS alebo všeobecný zákon o obciach NYS a zástupcom študentov sa udelili parlamentné právomoci predkladať alebo schvaľovať návrhy a zaraďovať body do programu týchto orgánov. Nakoniec zákonodarca v roku 1979 udelil študentským členom plné hlasovacie právo, čo viedlo k tomu, že študenti všetkých jednotiek SUNY mali hlasovacích zástupcov, s výnimkou Vysokej školy environmentálnych vied a lesníctva NYS. Nakoniec v roku 1986 zákonodarca udelil hlasovacie právo aj zástupcovi študentov tejto vysokej školy.
