Príbeh sa odohráva na palube bojovej lode HMS Indomitable v 1797 počas francúzskych revolučných vojen. Na začiatku je krátky prológ a na konci epilóg, počas ktorého starý kapitán spomína na príbeh, ktorý sa stal pred mnohými rokmi. Zvyšok opery rozpráva tento príbeh.
Prológ
Kapitán Vere, starý muž, si spomína na svoj život a na časy strávené v námorníctve. Myslí na to, čo sa pred niekoľkými rokmi stalo Billymu Buddovi, a je smutný, pretože ho nedokázal zachrániť.
Akt 1
Posádka lode Indomitable pracuje na palube. Pracuje tam nový muž (nováčik). Ten sa pošmykne a narazí do dôstojníka. Nováčik je za to kruto zbičovaný. V tom istom čase prichádza iný člen posádky s tromi novými mladými mužmi, ktorí boli dotlačení (prinútení), aby prišli pracovať na loď. Jeden z týchto troch mužov je Billy Budd.
Billy Budd je v novej práci veľmi spokojný. Uvedomuje si však, ako kruto s ním budú zaobchádzať. Muž, ktorý je zodpovedný za posádku, je Claggart. Je to zbrojmajster a je veľmi krutý. Hovorí, že Billy Budd je podľa neho dobrý mladý muž, hoci sa zajakáva. Billy sa šťastne rozlúči s loďou, na ktorej pracoval a ktorá sa volala Rights of Man. Nevidí iróniu v názve tej lode (tam mal aspoň nejaké práva, ale teraz sa s ním bude zle zaobchádzať. Slovo "nezlomný" znamená: "niečo, čo sa nedá poraziť"). Claggartovi sa Billyho postoj nepáči a povie Squeakovi, aby ho pozorne sledoval.
Novic sa vracia z bičovania. Má také bolesti, že nemôže chodiť. Billy je šokovaný, ale myslí si, že s ním samým sa nebude takto zaobchádzať, pokiaľ bude dodržiavať lodné pravidlá.
Dansker povie novým mužom, že kapitán Vere má prezývku "Hviezdny Vere". Billy si myslí, že to musí byť dobrý muž, a prisahá mu vernosť, hoci ho ešte nevidel. V štvoraktovej verzii kapitán Vere prichádza na palubu a povzbudzuje mužov, aby si v boji počínali dobre.
Akt 2
Kapitán Vere sa vo svojej kajute rozpráva so svojimi dôstojníkmi o francúzskej revolúcii. Rozprávajú sa o vzburách, ktoré sa udiali v britskom námorníctve. Dôstojníci hovoria, že Billy by mohol spôsobiť problémy, ale Vere si myslí, že jeho muži sú všetci dobrí.
Keď Billy zistí, že mu Squeak prehľadáva veci, nahnevá sa a jeho koktanie sa zhorší. Zrazí Squeaka na zem. Zdá sa, že Claggart je na Billyho strane, a tak ho nepotrestá. Claggart však chce byť na Billyho zlý. Dá novicovi nejaké peniaze a povie mu, že má Billyho presvedčiť, aby začal vzburu, a že má dať Billymu peniaze ako úplatok. Novic sa neodváži odmietnuť. Billy úplatok odmietne a myslí si, že sa mu odmení, ale Dansker ho varuje, že Claggart je nebezpečný. Billy je príliš naivný, aby pochopil, čo mu Dansker hovorí. Zaspievajú si duet, v ktorom Billy spieva, aký je život na lodi úžasný, a Dansker sa snaží Billyho varovať pred Claggartom: "Jemmy-legs sa na teba vrhol".
Akt 3
Claggart začne Vereovi rozprávať, že Billy by mohol spôsobiť problémy, ale preruší ho pohľad na francúzsku loď. Indomitable zaútočí, ale v hmle stratí nepriateľa z dohľadu. Claggart sa vráti a povie Veremu, že Billy predstavuje hrozbu vzbury. Vere mu neverí a pošle po Billyho, aby sa s ním Claggart mohol porozprávať.
Neskôr vo Vereovej chate Claggart v Billyho prítomnosti zopakuje falošné obvinenie. Billy opäť začne koktať, pretože je veľmi nahnevaný. Nedokáže hovoriť, udrie Claggarta a zabije ho. Kapitán musí dať dohromady dôstojníkov. Tí rozhodnú, že Billy je vinný, a odsúdia ho na obesenie. Billy prosí Verea, aby ho zachránil, a dôstojníci sa ho pýtajú, čo majú robiť, ale Vere mlčí. Vchádza do kajuty, kde Billyho držia. Hudba naznačuje, že kapitán hovorí Billymu o jeho rozsudku smrti.
Zákon 4
Dansker prinesie Billymu nápoj. Povie mu, že posádka je ochotná sa kvôli nemu vzbúriť, ale Billy svoj osud prijíma. Skoro ráno sa posádka zhromaždí na palube a Billyho popravia. Tesne pred smrťou chváli Vereho a spieva: "Hviezdny Vere, Boh ti žehnaj!" a zvyšok posádky jeho slová opakuje.
Epilóg
Vere si ako starý muž spomína na Billyho pohreb v mori. Myslí na to, ako mu mladík požehnal, keď umieral, a uvedomuje si, že to bola skutočná dobrota. Vere je teraz zmierený sám so sebou. Orchester prestane hrať a Vereho hlas sa ozve, keď svetlá zhasnú.
