V roku 1961 bol Honecker zodpovedný za výstavbu Berlínskeho múru. V roku 1971 začal politický boj o moc. Sovieti ho podporili, a tak sa Honecker stal novým vodcom alebo generálnym tajomníkom Strany socialistickej jednoty a nahradil Waltera Ulbrichta. V roku 1976 sa stal aj predsedom Štátnej rady (Staatsratsvorsitzender).
Za Honeckera došlo k veľkému zlepšeniu životnej úrovne, hoci NDR mala najvyššiu životnú úroveň v krajinách východného bloku. K dispozícii bolo viac spotrebného tovaru a urýchlila sa výstavba nových domov.
Hoci sa Honecker viac staral o ľudí v oblasti tovarov a bývania, nepripúšťal kritiku vlády. Najviditeľnejším spôsobom, ako sa to prejavilo, bol Berlínsky múr. V tomto období bolo zabitých približne 125 východonemeckých občanov, ktorí sa pokúšali prekročiť hranice do Západného Berlína.
V zahraničných vzťahoch by Honecker nikdy nepripustil zjednotenie Nemecka. Bol veľmi lojálny voči ZSSR, ale akceptoval détente (t. j. spriatelenie sa so západnými krajinami). Za jeho vlády sa východné Nemecko dokonca stalo priateľskejším k západnému Nemecku. V septembri 1987 sa stal prvou východonemeckou hlavou štátu, ktorá navštívila západné Nemecko.
Koncom 80. rokov 20. storočia sovietsky vodca Michail Gorbačov zaviedol glasnosť a perestrojku, reformy na liberalizáciu komunizmu. Honecker a východonemecká vláda však odmietli zaviesť podobné reformy v DDR. Keď sa reformné hnutie rozšírilo po celej strednej a východnej Európe, došlo k demonštráciám proti východonemeckej vláde. Najväčšími boli pondelkové demonštrácie v roku 1989 v meste Lipsko. Ostatní predstavitelia DDR sa rozhodli zbaviť Honeckera a 18. októbra 1989 ho prinútili odstúpiť. Namiesto neho prevzal vládu Egon Krenz.