V roku 1961 sa Norman Scott (nar. 12. februára 1940), bývalý model, zoznámil s Thorpom, keď pracoval ako stajník. Tvrdil, že s Thorpom mal sexuálny vzťah v rokoch 1961 až 1963, keď boli homosexuálne akty v Británii nezákonné.
Vyšetrovanie viedlo k obvineniu Thorpa a ďalších troch osôb zo sprisahania s cieľom zavraždiť Scotta. Počas vyšetrovania sa zberateľ starožitných strelných zbraní Dennis Meighan priznal, že si ho najal zástupca osoby nazývanej "pán Veľký z Liberálnej strany", aby Scotta zabil za 13 500 libier. Meighan neskôr tvrdil, že jeho ústne priznanie z roku 1975 bolo výrazne skrátené, keď mu bolo ponúknuté na podpis: "Prečítal som výpoveď, ktorá mi neurobila žiadnu láskavosť, ale Jeremymu Thorpovi tiež neurobila žiadnu láskavosť, pretože ho z toho úplne vynechala..."
Sudcovo zhrnutie bolo široko kritizované pre jeho zaujatosť a dostalo sa na titulky novín, keď Scotta označil za "podvodníka, dokonalého klamára... podvodníka". Všetci štyria obžalovaní boli 22. júna 1979 oslobodení. Dennis Meighan nebol nikdy predvolaný, aby vypovedal, a mlčal až do roku 2014, keď priznal svoju účasť a vyjadril sa: "Bezpochyby to bola kamufláž, ale mne to vyhovovalo".
Scottova aféra zničila Thorpeho, ktorý odstúpil z funkcie predsedu Liberálnej strany a v nasledujúcich parlamentných voľbách v roku 1979 bol porazený.
