V roku 1606 si Smitha najala Virgínska spoločnosť, aby sa usadil v kolónii Virginia s cieľom dosiahnuť zisk. V decembri 1606 vyplávali na troch lodiach. Smith mal sluhu menom Samuel Collier. Samuel Collier mal pri ňom zostať väčšinu cesty.
Počas plavby sa vyskytli problémy a Smith bol obvinený zo vzbury. Kapitán Newport ho plánoval popraviť. Kapitán otvoril list s rozkazmi od Virginskej spoločnosti, v ktorom sa uvádzalo, že Smith má byť jedným z vodcov novej kolónie, takže Smitha nezabili.
Angličania dorazili v apríli 1607 a kapitán Wingfield vybral Jamestown ako miesto pre kolóniu. V lete osadníci stále žili v dočasných príbytkoch. Po štvormesačnej ceste cez oceán zásoby potravín stačili len na to, aby mal každý človek šálku alebo dve obilnej kaše denne. V dôsledku počasia a nedostatku potravín sa medzi ľuďmi rozšírili choroby a do septembra viac ako polovica z nich zomrela.
V decembri 1607 hľadal Smith jedlo a bol zajatý indiánmi. Odviedli ho na stretnutie s náčelníkom kmeňa Powhatan. Dedina bola vzdialená asi 15 míľ od Jamestownu. Smitha prepustili bez ujmy na zdraví a čiastočne na tom mala zásluhu náčelníkova dcéra Pocahontas, ktorá sa mu vrhla cez telo. Keď to videl jej otec, zľutoval sa nad Smithom a ten sa bezpečne vrátil do Jamestownu. Týmto stretnutím sa začali priateľské vzťahy medzi domorodcami, Smithom a kolonistami v Jamestowne. Začiatkom januára 1608 prišlo s kapitánom Newportom takmer 100 nových osadníkov a z nedbanlivosti bola dedina zapálená. V tú zimu rieka James zamrzla a osadníci boli nútení žiť v ruinách. Počas tohto obdobia Newport a jeho posádka premárnili veľa času nakladaním železného pyritu (hlúpeho zlata) na svoje lode. Zásoby potravín sa vyčerpali a hoci domorodí Američania priniesli nejaké jedlo, Smith napísal, že "viac ako polovica z nás zomrela".
V apríli 1608 priviezla loď zásoby a 50 nových osadníkov, ktorých Smith poveril výstavbou obydlí a pestovaním plodín.
V lete 1608 Smith opustil Jamestown, aby preskúmal oblasť Chesapeake Bay a hľadal veľmi potrebné potraviny. Zhotovil mapu, ktorá bude mať pre virginských prieskumníkov veľkú hodnotu viac ako sto rokov. Počas svojej neprítomnosti Smith zanechal namiesto seba ako guvernéra svojho priateľa Matthewa Scrivenera. Scrivener sa neskôr utopil v búrke počas nešťastnej plavby na Hog Island. Smith bol v septembri 1608 zvolený za predsedu miestnej rady a zaviedol prísne pravidlá.
V októbri 1608 dorazila loď so 70 novými osadníkmi vrátane prvých žien. Prišli aj nemeckí a poľskí remeselníci, ale nepriviezli žiadne zásoby potravín. Potom sa Smith pokúšal získať potraviny od pôvodných obyvateľov Ameriky a bolo potrebné vyhrážať sa im vojenskou silou, aby poslúchli. Powhatan bol vystrašený veľkým počtom bielych mužov prichádzajúcich do oblasti a snažil sa ich vyhladovať.
Smith zistil, že medzi osadníkmi aj pôvodnými obyvateľmi Ameriky sa našli ľudia, ktorým sa nepáčili jeho pravidlá a plánovali ho zabiť. Smith napísal, že ho varovala Pocahontas. Zvolal zhromaždenie a mužom, ktorí nepracovali, povedal, že "kto nebude pracovať, nebude jesť...". Potom sa situácia zlepšila.
Počas troch mesiacov na začiatku roka 1609, vo februári, marci a apríli, bolo v Jamestowne všetko v poriadku, postavili sa mnohé obydlia, vyčistili sa akre pôdy a vykonalo sa mnoho ďalších prác. Potom v apríli krysy a vlhkosť zničili všetko uskladnené obilie. Veľmi potrebovali potraviny a Smith poslal veľkú skupinu osadníkov loviť ryby a ďalších zbierať mäkkýše po rieke. Vrátili sa bez jedla a boli dosť ochotní prijať skromné prídely, ktoré im ponúkli. To Smitha nahnevalo a nariadil im, aby vymenili svoje zbrane a nástroje za ovocie od Indiánov, a všetkým prikázal pracovať, inak budú musieť opustiť bezpečie pevnosti. Niektorí odišli a vydali sa do indiánskych dedín, ale aj Powhatanovi ľudia sa riadili Smithovým zákonom, že kto nepracuje, ten neje. Ten platil dovtedy, kým takmer nevyhladovali a nevrátili sa domov.
V istom okamihu dorazila nečakaná loď, ktorej kapitánom bol Samuel Argall. Mal jedlo a víno, ktoré Smith kúpil s prísľubom, že ich vráti. Argall tiež priniesol správu, že Virgínska spoločnosť posiela do Jamestownu ďalšie zásoby a osadníkov spolu s novým guvernérom lordom De la Warrom.
Počas plavby do Virgínie v máji 1609 sir Thomas Smith, pokladník Virginskej spoločnosti, zabezpečil, aby sa na cestu vydalo približne 500 kolonistov vrátane žien a detí. Vyplávala flotila deviatich lodí. Jedna z nich sa potopila v búrke krátko po vyplávaní z prístavu. Loď Sea Venture stroskotala na Bermudských ostrovoch s admirálom a Stephenom Hopkinsom na palube. O rok neskôr, v máji 1610, dorazili do Jamestownu na malých člnoch, ktoré si sami vyrobili. Gates čoskoro zistil, že v kolónii nie je dostatok potravín na uživenie všetkých, a rozhodol sa Jamestown opustiť. Keď ich člny opúšťali oblasť Jamestownu, stretli loď s novým guvernérom lordom de la Warrom, ktorý im prikázal vrátiť sa do Jamestownu.
V auguste 1609 bol John Smith veľmi prekvapený, keď videl príchod viac ako 300 nových osadníkov. Londýn posielal nových osadníkov bez plánovania, ako a kde budú žiť.
Kapitán John Smith bol ťažko zranený pri náhodnom výbuchu strelného prachu v kanoe. Smith sa v októbri 1609 odplával na liečenie do Anglicka. Dva a pol roka sa snažil urobiť všetko pre Jamestown. Do Virgínie sa už nikdy nevrátil. História potvrdila jeho veľký prínos v Jamestowne v jeho prvých rokoch.
Kolonisti naďalej zomierali na rôzne choroby a ochorenia, pričom z 500 ľudí, ktorí prežili túto zimu, ich bolo približne 150. Napriek tomu Virgínska spoločnosť pokračovala vo financovaní a preprave osadníkov, aby udržala Jamestown. Počas nasledujúcich piatich rokov guvernéri Gates a sir Thomas Dale naďalej udržiavali prísnu disciplínu, pričom sir Thomas Smith sa v Londýne snažil nájsť kvalifikovaných remeselníkov a ďalších osadníkov, ktorých by poslal do Jamestownu.
