Botanika
Stopes publikoval približne 100 prác a kníh o botanike, väčšinou o fosílnych rastlinách. Bola odborníčkou na fosílne paprade, cykasy a gymnospermy.
V rokoch 1904 až 1907 prednášala paleobotaniku na univerzite v Manchestri; bola prvou ženou na tejto univerzite.p12 V roku 1910, vo veku 30 rokov, sa stala členkou University College London. Dosiahla vrchol stromu. Bola nielen paleobotaničkou, ale aj odborníčkou na botaniku uhoľných vrstiev, ktoré sa ukladali v pennsylvane (vrchnom karbóne). Uhlie bolo v tom čase najdôležitejším zdrojom energie.
Stopesová publikovala o botanike až do roku 1935, ale približne od roku 1912 sa jej záujmy začali meniť kvôli problémom v súkromnom živote.
Kontrola pôrodnosti a zdravie žien
Po stroskotanom manželstve si Stopesová uvedomila, že mnohí ľudia sú v otázke sexu nevedomí a aké problémy majú ženy v manželstve. Jej cieľmi boli: zlepšenie šťastia prostredníctvom lepších vedomostí a ochrana zdravia žien prostredníctvom kontroly tehotenstiev, ktoré sa v manželstve prirodzene vyskytujú.
Stopesovej prvá kniha o plánovaní rodiny, Manželská láska: nový príspevok k riešeniu sexuálnych problémov, 1918, sa dočkala 28 vydaní a viac ako 150 dotlačí. Bola preložená do 14 jazykov a do Braillovho písma. Z anglickej verzie sa predalo viac ako milión výtlačkov a Stopesová na nej zbohatla.
Spoločenské účinky knihy boli obrovské. Nikto nedokáže povedať, prečo dochádza k spoločenským zmenám, ale postoj k sexu a manželstvu sa počas jej života určite zmenil. Medzi prvým a posledným vydaním jej knihy sa ženy v Európe a Severnej Amerike zmenili z takmer žiadnej antikoncepcie na väčšinu používajúcu antikoncepciu. Stalo sa tak napriek odporu katolíckej cirkvi a ďalších síl.
Neustále sa zlepšujú aj vedomosti o sexe a lekárska starostlivosť o potreby žien v súvislosti s pôrodom. Dostupnosť vedomostí o všetkých témach týkajúcich sa osobného života sa naďalej zlepšovala.
Neskôr v roku 1918 Stopesová vydala druhú knihu s názvom Múdre rodičovstvo: pokračovanie. V roku 1919 vyšiel List pracujúcim matkám o tom, ako mať zdravé deti a vyhnúť sa oslabujúcim tehotenstvám. Prúd kníh a brožúr pokračoval až do konca jej života.
Klinika Marie Stopes
Stopesová otvorila 17. marca 1921 prvú kliniku plánovania rodiny v Spojenom kráľovstve na adrese 61, Marlborough Road, Holloway, severný Londýn. V roku 1925 sa Klinika pre matky presťahovala do centrálneho Londýna, kde je dodnes.
Materská organizácia kliník Marie Stopes na celom svete sa teraz nazýva Marie Stopes International. Obzvlášť silná je v Bangladéši a Pakistane.