Aj po pridaní šikán bola bezpečnosť na okruhu problémom. Jednou z najväčších obáv bola vysokorýchlostná rovinatá zákruta Tamburello. Tamburello bola veľmi hrboľatá a mala veľmi málo priestoru medzi dráhou a betónovou stenou. Múr chránil potok, ktorý tiekol za zákrutou. Počas Veľkej cenySan Marína 1987 mal Nelson Piquet v tejto zákrute nehodu počas tréningu. Pre zranenia vynechal preteky. V roku 1989 na Veľkej cene San Marína Gerhard Berger havaroval so svojím Ferrari v Tamburello po tom, čo sa mu zlomilo predné krídlo. Náraz bol taký silný, že sa monokok (priestor pre vodiča) rozštiepil. Auto začalo horieť. Hasiči a zdravotníci sa rýchlo pustili do práce. Vďaka rýchlej reakcii Berger prežil len s popáleninami na rukách. Berger vynechal len jedny preteky, Veľkú cenu Monaka. V zákrute Tamburello mali ťažké havárie aj ďalší jazdci vrátane Micheleho Alboreta a Riccarda Patreseho. Vyviazli bez vážnejších zranení.
V roku 1994 sa v Imole stali tri vážne nehody. Počas piatkového tréningu Rubens Barrichello narazil do plota na Variante Bassa. Bola to veľmi tvrdá havária a na niekoľko minút upadol do bezvedomia. Počas sobotňajšej kvalifikácie havaroval v zákrute Villeneuve Rakúšan Roland Ratzenberger. Takmer čelne narazil do betónovej bariérovej steny a utrpel veľmi vážne zranenie hlavy. Bol prevezený do nemocnice, ale na následky zranení zomrel. V nedeľňajších pretekoch trojnásobný majster sveta AyrtonSenna narazil do betónovej steny v zákrute Tamburello. Senna zahynul na mieste. Pri dvoch nesúvisiacich nehodách sa počas pretekov zranilo aj niekoľko divákov a mechanikov.
V reakcii na smrť Ratzenbergera a Sennu boli vykonané zmeny s cieľom zvýšiť bezpečnosť okruhu. Znížila sa rýchlosť rovinatej zákruty Tamburello. Taktiež sa z nej stala ľavotočivá zákruta. Do obmedzeného priestoru na vonkajšej strane zákruty bola pridaná šotolinová pasca. Zatáčka Villeneuve bola tiež spomalená a pridala sa do nej šotolinová pasca. Aby sa zachoval charakter starého okruhu, bola odstránená pomalá šikana v Acqua Minerale. Mnohí tvrdia, že nová konfigurácia okruhu nie je taká dobrá ako kedysi v dôsledku nových šikán v Tamburello a Villeneuve.
Ďalšou úpravou bol model Variante Alta. Variante Alta sa nachádza na vrchole kopca vedúceho do Rivazzy. Má najťažšie brzdné miesto na okruhu. Obrubníky boli veľmi vysoké a jazdci do nich často narážali. To často spôsobovalo poškodenie vozidiel a niekedy viedlo k nehodám. Pred Veľkou cenou 2006 boli obrubníky znížené a samotná zákruta bola sprísnená, aby sa znížila rýchlosť.
Niektorí sa sťažovali na zlú kvalitu zariadení (budov a pracovných priestorov) v Imole. Veľká cena San Marína bola po roku 2006 vyradená zo šampionátu formuly 1.