Reakčný mechanizmus je postupný zápis toho, ako chemická reakcia prebieha. Zvyčajne je pri reakcii vidieť len celkovú zmenu. Veci, ktoré vzniknú medzi nimi, reagujú príliš rýchlo na to, aby ich bolo možné vidieť. Nazývajú sa medziprodukty a pri prechode z jedného medziproduktu do druhého sa prekročí prechodný stav. Je však dôležité pochopiť všetky kroky, ktoré vytvárajú celkovú zmenu. Je to preto, lebo potom možno pochopiť zložitejšie reakcie alebo sa pokúsiť o to, aby reakcia prebiehala určitým spôsobom.
Existuje mnoho typov reakčných mechanizmov. V organickej chémii sú najbežnejšie nukleofilná substitúcia, eliminácia a adícia. Ľudia niekedy používajú tlačenie šípok na nakreslenie toho, ako sa elektróny pohybujú počas reakcie. Vďaka tomu je ľahké vidieť, ktoré väzby sa počas procesu vytvárajú a ktoré sa porušujú.
