Modré žilky syra Blue Stilton sa vytvárajú prepichnutím kôry syra ihlami z nehrdzavejúcej ocele. Tým sa do jadra dostane vzduch. Syr potom zreje deväť až dvanásť týždňov.
Aby mohol syr používať názov "Stilton", musí byť vyrobený v jednom z troch grófstiev Derbyshire, Leicestershire a Nottinghamshire a musí používať pasterizované miestne mlieko. Výrobcovia syra Stilton v týchto grófstvach požiadali o ochranu podľa európskeho práva (CHOP = chránené označenie pôvodu) a v roku 1996 ju získali.
Stichelton sa vyrába rovnakým spôsobom ako syr Stilton a používa sa naň kravské mlieko z Nottinghamshire, ale mlieko nie je pasterizované, a preto sa podľa CHOP nemôže označovať ako pravý Stilton.
Od septembra 2016[aktualizácia] má licenciu na výrobu Stiltonu len šesť mliekarní (tri v Leicestershire, dve v Nottinghamshire a jedna v Derbyshire). Každú mliekáreň kontroluje nezávislá inšpekčná agentúra akreditovaná podľa európskej normy EN 45011. Štyri z licencovaných mliekarní sa nachádzajú v údolí Belvoir, ktoré sa rozprestiera na hranici hrabstiev Nottinghamshire a Leicestershire. Táto oblasť je považovaná za srdce výroby Stiltonu. Mliekárne sa nachádzajú v meste Melton Mowbray a v dedinách Colston Bassett, Cropwell Bishop, Long Clawson a Saxelbye.
Ďalšia mliekáreň v grófstve Leicestershire sa nachádzala v areáli Quenby Hall neďaleko dediny Hungarton. Mliekáreň tu bola už v 18. storočí. Quenby Hall obnovila výrobu Stiltonu v novej mliekarni v auguste 2005, ale v roku 2011 podnik ukončil svoju činnosť.
Bývalú licencovanú mliekáreň, ktorá vyrábala Stilton v Hartingtone v grófstve Derbyshire, kúpila v roku 2008 mliekáreň Long Clawson a v roku 2009 ju zatvorila, pričom výrobu presunula do Leicestershire. Dvaja bývalí zamestnanci založili v Pikehall vo farnosti Hartington smotanovú továreň, ktorá získala licenciu v roku 2014.
Syr Stilton sa nemôže vyrábať v obci, ktorá mu dala meno. Dedina Stilton sa nenachádza v troch povolených grófstvach, ale v historickom grófstve Huntingdonshire v Cambridgeshire. Spoločnosť Original Cheese Company požiadala Defru o zmenu CHOP Stilton tak, aby zahŕňalo aj túto dedinu, ale žiadosť bola v roku 2013 zamietnutá.
V Staffordshire sa vyrábal aj syr Stilton. Rodina Nuttallovcov z Beeby v Leicestershire otvorila v roku 1892 v Uttoxeteri továreň na výrobu syra Stilton, aby využila miestne mlieko a dobré dopravné spojenie.