Baktérie (sing. bacterium) sú veľmi malé organizmy. Sú to prokaryotické mikroorganizmy. Bakteriálne bunky nemajú jadro a väčšina z nich nemá okolo seba žiadne organely s membránami. Väčšina z nich má bunkovú stenu. Majú DNA a ich biochémia je v podstate rovnaká ako u ostatných živých organizmov. Patria medzi najjednoduchšie a najstaršie organizmy. Fungujú ako samostatné organizmy.
Takmer všetky baktérie sú také malé, že ich možno pozorovať len pod mikroskopom. Baktérie sa skladajú z jednej bunky, takže sú druhom jednobunkového organizmu. Patria medzi najjednoduchšie jednobunkové organizmy na Zemi a boli jednou z prvých foriem života. Patrí medzi ne množstvo extrémofilov, ktoré žijú v extrémnych prostrediach.
Na našej planéte je pravdepodobne viac jednotlivých baktérií ako iných druhov organizmov. Väčšina baktérií žije v zemi alebo vo vode, ale mnohé žijú vo vnútri alebo na koži iných organizmov vrátane človeka. V tele každého z nás je približne 1:1 bakteriálnych buniek ako ľudských buniek. Niektoré baktérie môžu spôsobovať choroby, ale iné nám pomáhajú pri každodenných činnostiach, ako je trávenie potravy (črevná flóra). Niektoré pre nás dokonca pracujú v továrňach, kde vyrábajú syr a jogurt.
Zakladateľom bakteriológie bol nemecký biológ Ferdinand Cohn (1828-1898). Uverejnil prvú biologickú klasifikáciu baktérií na základe ich vzhľadu.

