Vaginálna flóra alebo mikrobiota sú drobné mikroorganizmy, ktoré sú súčasťou zdravých reprodukčných orgánov ženy. Ľudia majú mnoho veľmi malých organizmov, ktoré sú normálnou súčasťou ľudského tela. Tieto mikroorganizmy je možné vidieť len pomocou mikroskopu. Tieto organizmy sú baktérie a huby. Takmer všetky nespôsobujú ochorenia, ale napriek tomu je normálne, že sa nachádzajú v tele alebo mimo neho.

Tieto malé mikroorganizmy vedci nazývajú mikrobiota. Mikrobiota sa nachádza v žalúdku, koži, ústach, očiach a mikrobiota vo vagíne. Mikrobiota u ľudí pomáha zastaviť infekcie spôsobené inými baktériami. Vaginálna mikrobiota pomáha udržiavať vagínu zdravú. Pomáhajú predchádzať infekciám spôsobeným inými baktériami. Baktérie, ktoré spôsobujú ochorenia alebo infekcie, sa nazývajú patogény. Normálna vaginálna mikroflóra zastavuje rast patogénov.

Keď žena navštívi lekára, pretože jej z pošvy vychádza tekutina, lekár môže ženu vyšetriť na prítomnosť patogénnych baktérií. Patogény môžu rásť príliš rýchlo. Môžu rásť rýchlejšie ako normálna a zdravá vaginálna mikroflóra. Infekcia môže spôsobiť, že z pošvy vychádza tekutina. Nazýva sa to vaginálny výtok. Dobrá a zdravá baktéria, ktorá udržiava pošvu bez ochorení, sa nazýva Lactobacillus. Existujú aj ďalšie dobré baktérie, ktoré udržujú pošvu zdravú. Niektoré z ich názvov sú: Peptostreptococcus, Propionibacterium a Actinomyces.

Ak sa žena nakazí pohlavne prenosnou chorobou, zmení to vaginálnu mikroflóru. Zdravá vaginálna mikrobiota nedokáže zastaviť ani vyliečiť pohlavne prenosnú infekciu.