V 30. rokoch 19. storočia sa otroctvo stalo v Spojených štátoch čoraz viac polarizujúcim problémom. Adams, dlhoročný odporca otroctva, využil svoju novú úlohu v Kongrese na boj proti nemu a stal sa najvýznamnejším národným lídrom, ktorý sa postavil proti otroctvu. Po jednom zo svojich opätovných volebných víťazstiev vyhlásil, že musí "priviesť k prorokovanému dňu, keď otroctvo a vojna budú vyhnané z povrchu zeme". V roku 1820 si do svojho súkromného denníka napísal:
Diskusia o tejto missourskej otázke prezradila tajomstvo ich duší. Abstraktne pripúšťajú, že otroctvo je zlo, odmietajú ho a všetko hádžu na plecia... Veľkej Británie. Keď sa však na to spýtajú do hĺbky, ukáže sa, že v hĺbke ich duše je pýcha a márnomyseľnosť v ich panskom stave. Na jednoduchosť mravov Yankeeov sa pozerajú zvrchu, pretože nemajú také panovačné zvyky ako oni a nemôžu sa k černochom správať ako k psom. Medzi zlo otroctva patrí to, že poškvrňuje samotné zdroje morálnych zásad. Zavádza falošné odhady cností a nerestí: veď čo môže byť falošnejšie a bezcitnejšie ako toto učenie, ktoré robí prvé a najsvätejšie práva ľudstva závislými od farby pleti?
V roku 1836, čiastočne v reakcii na Adamsovo dôsledné predkladanie občianskych petícií požadujúcich zrušenie otroctva v District of Columbia, Snemovňa reprezentantov zaviedla "pravidlo gag", ktoré okamžite odložilo všetky petície týkajúce sa otroctva. Toto pravidlo podporovali demokrati a južanskí whigovia, ale severní whigovia ako Adams boli zväčša proti.
Koncom roka 1836 začal Adams kampaň, v ktorej zosmiešňoval vlastníkov otrokov a pravidlo gag. Často sa pokúšal predkladať petície proti otroctvu, často spôsobom, ktorý vyvolával ostré reakcie predstaviteľov Juhu. Aj keď pravidlo gag zostalo v platnosti, diskusia, ktorú rozpútal svojím konaním, a pokusy ostatných o jeho utíšenie vyvolali otázky o práve na petície, práve na legislatívnu diskusiu a morálnosti otroctva. Adams aktívne bojoval proti pravidlu mlčania ďalších sedem rokov a nakoniec navrhol rezolúciu, ktorá viedla k jeho zrušeniu v roku 1844.
V roku 1841 sa Adams na žiadosť Lewisa Tappana a Ellisa Graya Loringa pripojil k prípadu Spojené štáty proti Amistadu. Adams predstúpil pred Najvyšší súd v mene afrických otrokov, ktorí sa vzbúrili a zmocnili sa španielskej lode Amistad. Adams vystúpil 24. februára 1841 a hovoril štyri hodiny. Jeho argumentácia bola úspešná; súd rozhodol v prospech Afričanov, ktorí boli vyhlásení za slobodných a vrátili sa do svojich domovov.
