Na ľavej strane rieky Haut du Cap postavil Krištof Kolumbus malú pevnosť so zvyškami lode Santa María, ktorá bola zničená na Vianoce roku 1492; pevnosť pomenoval La Navidad (v angličtine "Christmas"). Táto pevnosť bola prvou európskou stavbou v Amerike.
Oblasť v okolí mesta mala taínsky názov Guarico, ktorý španielski kolonisti použili pre tento región a nové mesto. Keď sem prišli žiť Francúzi z ostrova Tortuga, založili mesto v roku 1670 a francúzsky kráľ Ľudovít XIV. ho v roku 1711 pomenoval Cap-Français; potom bolo hlavným mestom kolónie Saint-Domingue až do roku 1770, keď sa novým hlavným mestom stalo Port-au-Prince.
Mesto bolo zničené Španielmi v januári 1691 po bitke pri La Limonade; La Limonade je savana východne od Cap-Haïtien. Neskôr, v roku 1695, mesto opäť zničili španielski a anglickí vojaci.
Haiti, v koloniálnych časoch známe ako Saint-Domingue, bolo najbohatšou kolóniou Francúzska a Cap-Français bolo najbohatším mestom v kolónii. Mesto bolo vtedy známe ako "Paríž západu".
Počas haitskej revolúcie sa 18. novembra 1803 odohrala bitka v meste Vertières neďaleko Cap-Haïtien. V tejto bitke armáda Jeana-Jacquesa Dessalinesa porazila francúzsku koloniálnu armádu vedenú grófom de Rochambeau, čo viedlo k nezávislosti Haiti 1. januára 1804.
Po získaní nezávislosti Haiti bola krajina rozdelená na dve časti a severná časť bola Henri Christopheom vyhlásená za kráľovstvo a názov mesta bol zmenený na Cap-Henry. Christophe urobil hlavným mestom svojho kráľovstva Milot, mesto vzdialené 15 km južne od mesta.
Mesto dostalo názov Cap-Haïtien po Christopheovej smrti, keď sa Haiti opäť stalo jednou krajinou.
