Archeológovia sa domnievajú, že tento druh prežil na Florese minimálne do obdobia pred 12 000 rokmi. To z neho robí najdlhšie žijúceho nemoderného človeka. Žil tiež dlhšie ako neandertálci (H. neanderthalensis), ktorí vyhynuli približne pred 24 000 rokmi.
Kvôli hlbokému susednému prielivu zostal Flores počas poslednej doby ľadovej izolovaný. Z tohto dôvodu sa objavitelia H. floresiensis domnievajú, že tento druh alebo jeho predkovia sa museli na izolovaný ostrov dostať vodnou dopravou približne pred 100 000 rokmi (alebo, ak ide o H. erectus, tak približne pred 1 miliónom rokov).
Miestna geológia naznačuje, že za koniec H. floresiensis a živočíchov, ktoré žili na ostrove, môže sopečná erupcia na Florese približne pred 12 000 rokmi. V tomto období vyhynul aj slon Stegodon.
Príbehy o neskoršom prežití
Miestni obyvatelia rozprávajú, že na ostrove žila malá rasa ľudí. Ebu Gogo boli malí, chlpatí, jazykovo chudobní obyvatelia jaskýň. Hovorí sa, že tam boli v čase príchodu prvých portugalských lodí v 16. storočí. Tieto tvory údajne existovali ešte koncom 19. storočia. Gerd van den Bergh, paleontológ pracujúci s fosíliami, uviedol, že o Ebu Gogo počul desať rokov pred objavením fosílií. Na neďalekom ostrove Sumatra sa objavili správy o 1 - 1,5 m vysokom humanoidovi, Orang Pendek, ktorý by mohol byť príbuzný s H. floresiensis.