Táto oblasť má dlhú históriu. V roku 1959 sa v blízkosti hradu našlo neolitické pohrebisko so 16 komorovými hrobmi spred približne 3 800 rokov.
Pri výstavbe diaľnice v roku 1964 bolo objavené rímske divadlo. Bolo postavené okolo roku 100 n. l. Mohlo v ňom sedieť približne 4 000 divákov. Bolo súčasťou malej dediny so 400 až 600 obyvateľmi, ktorá existovala približne 200 rokov. Dedina bola postavená po oboch stranách cesty vo vzdialenosti asi 400 metrov. Nachádzali sa tu obchody, krčmy a malé továrne vyrábajúce výrobky z dreva a kože. Za týmito budovami boli domy a farmy. Je možné, že v obci sa nachádzala malá pevnosť. Prvé budovy boli drevené, ale tie boli zničené pri požiari na konci prvého storočia. Nové budovy boli z kameňa. Obec bola opustená v 3. storočí.
V 5. a 6. storočí existovala dedina Alamanni. Najstaršie zaznamenané použitie názvu Lencis (z ktorého pochádza Lenzburg) je z roku 893. V roku 1036 sa hrad Lenzburg stal sídlom grófa z Lenzburgu, vtedy významného pána. Rod vymrel v roku 1173 a hrad potom vlastnil cisár Fridrich Barbarossa. Potom ho využíval najmä rod Kyburgovcov. V roku 1273 hrad prevzali Habsburgovci.
Mestské práva boli udelené v roku 1306. Lenzburg bol spolu so západnou časťou dnešného Aargau dobytý Bernom v roku 1415. Bern si svoje mestské práva neodňal. V roku 1433 mesto Bern kúpilo hrad a v rokoch 1444 až 1798 ho využívalo na správu oblasti. V roku 1491 mesto zničil veľký požiar. Nezničil iba pätnásť domov. Reformácia sa uskutočnila súčasne s ostatným regiónom v roku 1528. V 16. storočí sa hospodárstvo začalo pomaly meniť z poľnohospodárskeho na priemyselné. V roku 1732 bola založená textilná továreň.
V roku 1798 vznikla Helvétska republika a páni z Bernu boli odstránení. Vznikol kantón Aargau a hlavným mestom okresu sa v roku 1803 stal Lenzburg. V roku 1804 získal kantón hrad. V 19. storočí sa Lenzburg stal hospodárskym centrom oblasti. V roku 1875 bol Lenzburg pripojený na železničný systém. Konkurencia v oblasti obchodu sa stala príliš veľkou a Lenzburg zbankrotoval už o rok neskôr. Z bankrotu sa mesto spamätalo v priebehu nasledujúcich 10 rokov.
V roku 1886 žil na hrade, ktorý kúpil jeho otec, nemecký dramatik Frank Wedekind. V roku 1892 ho predal Augustovi Edwardovi Jessupovi z Filadelfie, ktorý vynaložil veľa peňazí na obnovu hradu. V roku 1911 ho predal chicagskému bankárovi Jamesovi W. Ellsworthovi. Ellsworthov syn Lincoln Ellsworth a Roald Amundsen využívali hrad na plánovanie svojich polárnych výskumov v 20. rokoch 20. storočia.