Kantón Pérez Zeledón bol vytvorený 9. októbra 1931. Boli mu pridelené 4 okresy: Ureña, El General, Daniel Flores a Rivas. Ureña bola hlavným mestom.
Rané osídlenie Kostariky
Na konci 19. storočia, v rokoch 1870 až 1899, žilo v údolí El General niekoľko rodín. Od roku 1900 boli osídlené dediny (španielsky Caseríos) El General, Palmares, Rivas a Ureña.
Caserío of Ureña sa rozrástol. V roku 1911, počas vlády Ricarda Jiméneza Oreamuna, boli vytvorené útočiská Ojo de Agua, El Cerro de la Muerte a División. Tieto útočiská ďalej podporovali rast regiónu.
Kostarická občianska vojna
San Isidro de El General, hlavné mesto Péreza Zeledóna, dostalo titul Ciudad Mártir. Dôvodom bola občianska vojna v roku 1948, ktorá sa tu odohrala.
Dekrétom č. 274 získalo mesto svoj názov. Týmto dekrétom sa oficiálne uznala účasť mesta v občianskej vojne v roku 1948. V časti dekrétu sa uvádza (v španielčine):
la Junta Fundadora de la Segunda República, apreciando el noble esfuerzo y la valiosa contribución de San Isidro de El General, se siente obligada a hacer un público y oficial reconocimiento de tan loable conducta para que de ninguna manera quede ella relegada al olvido, sino que constantemente sea exaltada como merecen los grandes hechos dignos de vida eterna en los fastos nacionales.
Čo by v angličtine znamenalo:
Zakladateľská skupina Druhej republiky, ktorá oceňuje úsilie a prínos San Isidro de El General, chce verejne a oficiálne uznať takéto konanie. Nech je neustále chválené, pretože dobré veci sú hodné večnej národnej chvály.
Pérez Zeledón bol tiež miestom veľkých bojov počas kostarickej občianskej vojny. Jednou z bitiek bola bitka pri San Isidro de El General. Udiala sa okolo 6:30 ráno. 200 vládnych jednotiek bojovalo proti povstalcom v centrálnom parku mesta. Bitku vyhral José Figueres Ferrer a jeho povstalci. Táto bitka zabezpečila povstalcom južnú pacifickú oblasť Kostariky.