Územie provincie bolo súčasťou provincie La Vega od získania dominikánskej nezávislosti (v roku 1844) až do roku 1945, keď sa väčšina územia stala súčasťou provincie Duarte.
3. marca 1952 bola vytvorená provincia Cotuí, ktorá bola v tom čase súčasťou provincie Duarte, a juhovýchodná časť provincie La Vega. V čase svojho vzniku mala len dve obce: Cotuí, hlavné mesto provincie, a Cevicos. V roku 1961 sa Fantino stalo treťou obcou provincie; v roku 2002 sa Villa La Mata stala štvrtou obcou.
V roku 1979 sa La Cueva stala mestskou štvrťou, La Bija a Angelina v roku 2001, Quita Sueño a Platanal v roku 2005, Hernando Alonzo, Caballero a Comedero Arriba v roku 2006 a Zambrana Abajo v roku 2010.