Hillary sa narodil 20. júla 1919 v Aucklande na Novom Zélande Percivalovi Augustovi Hillarymu a Gertrude Hillaryovej, rodenej Clarkovej. Jeho rodina sa presťahovala do Tuakau (južne od Aucklandu) v roku 1920 po tom, ako tam jeho otec (ktorý slúžil na Gallipoli) získal pozemok. Jeho starí rodičia boli prvými osadníkmi v severnej časti Wairoa v polovici 19. storočia po tom, ako sa presťahovali z Yorkshiru v Anglicku.
Hillary sa učila na základnej škole Tuakau a potom na gymnáziu v Aucklande. Základnú školu ukončil o dva roky skôr, ale na strednej škole sa mu veľmi nedarilo. Spočiatku tam bol menší ako ostatní študenti a veľmi plachý, takže sa pri knihách cítil v bezpečí a často myslel na život plný dobrodružstiev. Každý deň jazdil vlakom do strednej školy a späť a tento čas často využíval na čítanie. Naučiť sa boxovať mu pomohlo získať väčšie sebavedomie. Vo veku 16 rokov sa jeho záujem o horolezectvo začal počas školského výletu na horu Ruapehu. Hoci bol veľmi vysoký 195 cm, bol silnejší ako mnohí jeho spolubojovníci. Na Univerzite v Aucklande sa učil matematiku a prírodné vedy a v roku 1939 absolvoval svoj prvý významný výstup, ktorým bolo dosiahnutie vrcholu hory s názvom Mount Ollivier. Spolu so svojím bratom Rexom sa Hillary stal v lete včelárom, čo mu umožnilo venovať sa horolezectvu v zime.
