Babylonské a perzské obdobie (586-333 pred Kr.)
V roku 586 pred Kristom Babylončania pod vedením kráľa Nabuchodonozora II. dobyli Jeruzalem, zničili Šalamúnov chrám, ukončili Dávidovu vládu a odviedli ľud do zajatia. V Judsku, teraz babylonskej provincii Jehud s hlavným mestom v Micpe na bývalom území Benjamína, severne od Jeruzalema, zostali len tí najchudobnejší. O niekoľko rokov neskôr, opäť podľa Biblie, bol miestodržiteľ Jehudu zavraždený rivalmi, čo vyvolalo ďalší exodus utečencov, tentoraz do Egypta. Okolo roku 580 sa teda judský ľud nachádzal na troch rôznych miestach: elita v Babylone (kde sa s nimi mimochodom zrejme dobre zaobchádzalo), veľká komunita v Egypte a zvyšok v Judsku. Exil sa skončil, keď perzský kráľ Kýros Veľký dobyl Babylon (tradične 538 pred Kr.). Peržania obnovili Judsko/Jehud ako provinciu ("Yehud medinata") v rámci satrapie "Za riekou" a v priebehu nasledujúceho storočia sa časť vyhnancov vrátila do Jeruzalema. Tam nakoniec obnovili Chrám (tradične 516/515 pred Kr.), ale viac ako storočie zostalo administratívne hlavné mesto v Micpe. Samária medzitým pokračovala ako provincia Semarína v rámci tej istej satrapie ako Jehud.
Perzské obdobie
V roku 539 pred n. l. Peržania dobyli Babylon a v roku 537 pred n. l. sa začalo perzské obdobie židovských dejín. V roku 520 pred n. l. KýrosVeľký povolil Židom vrátiť sa do Judska a obnoviť Chrám (dokončený v roku 515 pred n. l.). Za správcu vymenoval Zerubábela (vnuka predposledného judského kráľa Joachina), ale obnovu kráľovstva nepovolil. Vplyv zoroastrizmu na monoteizmus, judaizmus, ako aj kresťanstvo sú stále predmetom akademických diskusií.
Bez mocného kráľa sa chrám stal mocnejším a kňazi sa stali dominantnou autoritou. Druhý chrám však bol postavený pod cudzou mocou a o jeho legitímnosti pretrvávali pochybnosti. To vytvorilo podmienky na to, aby sa v nasledujúcich storočiach v rámci judaizmu vyvinuli rôzne sekty, z ktorých každá si nárokovala reprezentovať "judaizmus". Väčšina z nich zvyčajne odrádzala od spoločenského styku, najmä od manželstva, s príslušníkmi iných siekt.
Na konci babylonského vyhnanstva došlo nielen k výstavbe Druhého chrámu, ale podľa dokumentárnej hypotézy aj ku konečnej verzii Tóry. Hoci kňazi kontrolovali monarchiu a Chrám, zákonníci a mudrci (z ktorých sa neskôr stali rabíni) si monopolizovali štúdium Tóry, ktorá sa (počnúc Ezdrášom) verejne čítala v trhové dni. Títo mudrci popri Svätom písme rozvíjali a udržiavali ústnu tradíciu a stotožňovali sa s prorokmi. Podľa Gézu Vermesa sa takíto pisári často oslovovali základným výrazom úcty "pán".
Helénske a rímske obdobie (333 pred n. l. - 70 n. l.)
Helenistické obdobie sa začalo v roku 332 pred Kristom, keď Alexander Veľký dobyl Perziu. Po jeho smrti v roku 323 pred n. l. bola jeho ríša rozdelená medzi jeho generálov. Spočiatku Judeu ovládali egyptsko-helénski Ptolemaiovci, ale v roku 198 pred n. l. sa vlády nad Judeou ujala sýrsko-helénska Seleukovská ríša pod vedením Antiocha III.
Podľa jednej z teórií došlo v helenistickom období ku kanonizácii Tanachu (hebrejskej Biblie) a k vzniku mimobiblických posvätných tradícií. Najstarší dôkaz o tradícii židovskej mystiky obklopuje knihu Ezechiel, napísanú počas babylonského exilu. Prakticky všetky známe mystické texty však boli napísané na konci obdobia Druhého chrámu. Niektorí učenci sa domnievajú, že ezoterické tradície kabaly (židovskej mystiky), boli ovplyvnené perzskou vierou, platónskou filozofiou a gnosticizmom.
V 2. knihe Esdras 14,45-46, ktorá bola napísaná v druhom storočí n. l., sa uvádza: "Dvadsaťštyri kníh, ktoré si napísal ako prvé, zverejni a daj ich čítať hodným i nehodným, ale sedemdesiat kníh, ktoré boli napísané ako posledné, si ponechaj, aby si ich dal múdrym zo svojho ľudu." Toto je prvá známa zmienka o kanonizovanej hebrejskej Biblii a sedemdesiat nekanonických textov mohlo mať mystický charakter; Talmud naznačuje ďalšie mystické tradície, ktoré môžu mať korene v judaizme druhého chrámu.
Blízky východ bol kozmopolitný, najmä v helenistickom období. Používali sa viaceré jazyky a otázka lingua franca je stále predmetom diskusií. Židia medzi sebou takmer určite hovorili aramejsky. Gréčtina sa často používala v celej východnej časti Stredomoria. Judaizmus sa rýchlo menil, reagoval a prispôsoboval sa väčšiemu politickému, kultúrnemu a intelektuálnemu svetu a následne priťahoval záujmy nežidov. Historik Shaye Cohen poznamenal:
Všetky judaizmy helenistického obdobia, tak v diaspóre, ako aj v izraelskej krajine, boli helenizované, to znamená, že boli neoddeliteľnou súčasťou kultúry antického sveta. Niektoré odrody judaizmu boli helenizované viac ako iné, ale žiadna nebola ostrovom sama pre seba. Je chybou predstavovať si, že v krajine Palestína sa zachovala "čistá" forma judaizmu a že diaspóra bola domovom sfalšovaných alebo zriedených foriem judaizmu. Pojem "helenistický judaizmus" má teda zmysel len ako chronologický ukazovateľ pre obdobie od Alexandra Veľkého po Makabejcov alebo možno po rímske výboje v prvom storočí pred Kristom. Ako opisný termín pre určitý typ judaizmu však nemá význam, pretože všetky judaizmy helenistického obdobia boli "helenistické". (Cohen 1987: 37)
Kultúrne boje s helenizmom
Mnohí Židia žili v diaspóre a judské provincie Judea, Samária a Galilea boli obývané mnohými pohanmi (ktorí často prejavovali záujem o judaizmus). Židia museli žiť s hodnotami helenizmu a helenistickej filozofie, ktoré boli často v priamom rozpore s ich vlastnými hodnotami a tradíciami. Vo všeobecnosti sa helenistická kultúra považovala za civilizátora, ktorý prinášal civilizované hodnoty a spôsoby života národom, ktoré považovali za izolované, zaostalé alebo degenerované.
Napríklad v Jeruzaleme boli na dohľad od chrámu postavené kúpele v gréckom štýle a aj v tomto meste sa gymnázium stalo centrom spoločenského, športového a intelektuálneho života. Mnohí Židia, vrátane niektorých aristokratickejších kňazov, prijali tieto inštitúcie, hoci na Židov, ktorí tak urobili, sa často pozerali s dešpektom kvôli ich obriezke, ktorú Židia považovali za znak svojej zmluvy s Bohom, ale helenistická kultúra ju považovala za estetické znehodnotenie tela. V dôsledku toho sa niektorí Židia začali vzdávať praxe obriezky (a tým aj svojej zmluvy s Bohom), zatiaľ čo iní sa ohradzovali voči gréckej nadvláde.
V tom istom čase, keď Židia čelili kultúrnym rozdielom, museli čeliť paradoxu vo svojej vlastnej tradícii: ich zákony Tóry platili len pre nich a pre prozelitov, ale ich Boh, ako verili, bol jediným Bohom všetkých. Táto situácia viedla k novým výkladom Tóry, z ktorých niektoré boli ovplyvnené helénskym myslením a reakciou na záujem pohanov o judaizmus. Práve v tomto období sa do judaizmu dostali alebo ho ovplyvnili mnohé koncepcie z ranej gréckej filozofie, ako aj diskusie a sekty v rámci vtedajšieho náboženstva a kultúry.
V roku 331 pred Kr. sa Alexander Veľký zmocnil Perzskejríše. Po jeho smrti v roku 323 pred Kr. sa jeho ríša rozpadla a provincia Jehud sa stala súčasťou Egyptského kráľovstva, kde vládla dynastia Ptolemaiovcov. Ptolemaiovská vláda bola mierna: Alexandria sa stala najväčším židovským mestom na svete a egyptský kráľ Ptolemaios II. filadelfský (281 - 246 pred n. l.) podporoval židovskú kultúru a sponzoroval preklad Tóry v Septuaginte. V tomto období vznikli aj farizeji a ďalšie židovské strany Druhého chrámu, ako napríklad saduceji a eséni. Začiatkom 2. storočia pred n. l. však Jehud pripadol seleukovskému sýrskemu vládcovi Antiochovi IV Epifanovi (174 - 163 pred n. l.), ktorý sa na rozdiel od tolerancie, ktorú prejavovali Ptolemidi, pokúsil o úplnú helenizáciu Židov. Jeho znesvätenie Chrámu vyvolalo národné povstanie, ktoré sa skončilo vyhnaním Sýrčanov a opätovným vysvätením Chrámu za vlády Makabejcov
Kráľovstvo, ktoré založili Makabejci, bolo vedomým pokusom obnoviť Judsko opísané v Biblii: židovskú monarchiu, ktorá vládla z Jeruzalema a rozprestierala sa na všetkých územiach, kde kedysi vládli Dávid a Šalamún. Na uskutočnenie tohto projektu si hasmoneovskí králi podrobili (a násilne obrátili na judaizmus) niekdajších Moabčanov, Edomčanov a Amončanov, ako aj stratené Izraelské kráľovstvo.
Vo všeobecnosti Židia akceptovali cudziu vládu, keď sa od nich vyžadovalo len platenie tribútu, a inak si mohli vládnuť sami. Napriek tomu boli Židia rozdelení na tých, ktorí boli za helenizáciu, a na tých, ktorí boli proti nej, a boli rozdelení aj v otázke vernosti Ptolemaiovcom alebo Seleukovcom. Keď veľkňaz Šimon II. v roku 175 pred Kr. zomrel, vypukol konflikt medzi stúpencami jeho syna Oniáša III. (ktorý bol proti helenizácii a uprednostňoval Ptolemaiovcov) a jeho syna Iásona (ktorý uprednostňoval helenizáciu a uprednostňoval Seleukovcov). Nasledovalo obdobie politických intríg, keď kňazi ako Menelaos podplácali kráľa, aby získali veľkňazský titul, a obvinenia z vraždy konkurenčných uchádzačov o tento titul. Výsledkom bola krátka občianska vojna.
Obrovské množstvo Židov sa pridalo na Iásonovu stranu a v roku 167 pred Kr. seleukovský kráľ Antiochos IV. vtrhol do Judska, vstúpil do Chrámu a zbavil ho peňazí a obradných predmetov. Iáson utiekol do Egypta a Antiochos zaviedol program násilnej helenizácie, v rámci ktorého Židia museli pod hrozbou vyvraždenia opustiť svoje vlastné zákony a zvyky. Vtedy sa Matatiáš a jeho piati synovia Ján, Eleazar, Šimon, Jonatán a Júda Makabejský, kňazi z rodu Hasmonovcov žijúci vo vidieckej dedine Modein (vyslovuje sa "Mo-Ah-Dein"), ujali vedenia krvavého a napokon úspešného povstania proti Seleukovcom.
Júda oslobodil Jeruzalem v roku 165 pred Kr. a obnovil Chrám. Boje pokračovali a Júda a jeho brat Jonatán boli zabití. V roku 141 pred Kr. zhromaždenie kňazov a ďalších osôb potvrdilo Šimona za veľkňaza a vodcu, čím v podstate založilo dynastiu Hasmoneovcov. Keď Šimona v roku 135 pred Kr. zabili, jeho syn (a Júdov synovec) Ján Hyrkános zaujal jeho miesto veľkňaza a kráľa.
Hasmoneovské kráľovstvo
Po porážke seleukovských vojsk Ján Hyrkános v roku 152 pred Kr. založil novú monarchiu v podobe kňazskej dynastie Hasmoneovcov - kňazi sa tak stali politickými aj náboženskými autoritami. Hoci boli Hasmoneovci všeobecne vnímaní ako hrdinovia a vodcovia, ktorí sa postavili na odpor Seleukovcom, niektorí považovali ich vládu za nedostatočne nábožensky legitímnu, ktorá im vyplývala z pôvodu z Dávidovej dynastie z obdobia Prvého chrámu.
Saduceji, eséni a farizeji
Rozkol medzi kňazmi a mudrcmi sa prehĺbil v helenistickom období, keď Židia čelili novým politickým a kultúrnym bojom. Približne v tomto období vznikla strana saducejov ako strana kňazov a spriaznených elít (názov saduceji pochádza od Sádoka, veľkňaza prvého chrámu).
Esejci boli ďalším raným mysticko-náboženským hnutím, o ktorom sa predpokladá, že odmietalo buď Seleukovcami ustanovených veľkňazov, alebo hasmoneovských veľkňazov ako nesprávnych. Čoskoro však odmietli aj Druhý chrám, pričom tvrdili, že samotné esénske spoločenstvo je novým chrámom a že poslušnosť zákonu predstavuje novú formu obety.
Hoci sa eséni svojím nezáujmom o Druhý chrám odcudzili veľkej mase Židov, ich predstavu, že posvätno môže existovať aj mimo chrámu, zdieľala aj ďalšia skupina, farizeji ("separatisti"), ktorá sa nachádzala v spoločenstve zákonníkov a mudrcov. Význam tohto názvu je však nejasný.
Počas hasmoneovského obdobia fungovali saduceji a farizeji predovšetkým ako politické strany (eséni neboli tak politicky orientovaní). Politické rozdiely medzi saducejmi a farizejmi sa prejavili, keď farizeji požadovali, aby si hasmoneovský kráľ Alexander Jannai vybral medzi funkciou kráľa a funkciou veľkňaza tradičným spôsobom. Táto požiadavka viedla ku krátkej občianskej vojne, ktorá sa skončila krvavým potlačením farizejov, hoci kráľ na smrteľnej posteli vyzval na zmierenie oboch strán. Po Alexandrovi nastúpila jeho vdova, ktorej brat bol popredným farizejom. Po jej smrti sa jej starší syn Hyrkános II. usiloval o podporu farizejov a mladší syn Aristobulus sa usiloval o podporu saducejov.
V roku 64 pred Kr. rímsky generál Pompeius obsadil Jeruzalem a urobil zo židovského kráľovstva klienta Ríma. V rokoch 57 - 55 pred n. l. Aulus Gabinius, prokonzul Sýrie, ju rozdelil na Galileu, Samáriu a Judsko s 5 okresnými sanhedrínmi/synedriónmi (súdnymi radami). V rokoch 40-39 pred n. l. bol Herodes Veľký rímskym senátom vymenovaný za židovského kráľa, ale v roku 6 n. l. bol jeho nástupca Herodes Archelaus, etnarcha Judey, zosadený cisárom Augustom a jeho územia boli pripojené ako provincia Iudaea pod priamu rímsku správu: to znamenalo koniec Judey ako aj teoreticky nezávislého kráľovstva.