Jednomiestne vozidlá
V roku 1986 bola v Japonsku zavedená Formula 3000. Spoločnosť Mugen sa spojila s firmou Honda a vytvorila motor F3000. Bol predstavený v sezóne 1987 a prenajatý 14 tímom. V roku 1988 získala spoločnosť Mugen štyri z prvých piatich miest v japonskom šampionáte F3000. V roku 1989 vstúpila spoločnosť Mugen do európskeho šampionátu F3000 s motorom MF308. Vyhrali šampionát s Jeanom Alesim jazdiacim na Reynarde. V tom istom roku spoločnosť vyrobila vlastný prototyp motora 3,5 l V8 pre Formulu 1 s kódovým označením MF350.
V roku 1988 začala spoločnosť Mugen ladiť motory Honda na použitie vo Formule 3. S Akihikom Nakayom vyhrali japonský seriál a v roku 1990 sa rozšírili do Európy. Spoločnosť Mugen vyhrala svoje prvé majstrovstvá Formuly 3 v Európe. Získali francúzsky titul s Ericom Hélarym a britskú korunu s Mikom Häkkinenom. Titul získali aj v roku 1991 s Rubensom Barrichellom.
Formula 1
V roku 1991 spoločnosť Mugen vyrábala motory Honda V10 pre spoločnosť Tyrrell. V roku 1992 bol motor premenovaný na Mugen MF351H. Tento motor používal tím Footwork v rokoch 1992 a 1993.
V roku 1994 prešiel Mugen do tímu Lotus s novým vozidlom Lotus 109. Tím bol podfinancovaný a podvozok 109 prišiel neskoro. Vozidlo a jeho motor získali jediný bod. Na konci roka Lotus ukončil svoju činnosť.
Mugen prestúpil do tímu Ligier v roku 1995. V roku 1996 Mugen vyhral svoje prvé preteky Formuly 1. Motor s objemom 3,0 l a kódovým označením MF301H zvíťazil na Veľkej cene Monaka 1996 s Olivierom Panisom za volantom.
V roku 1997 prevzal Ligier Alain Prost a premenoval ho na Prost Grand Prix. Keď Prost v roku 1998 zmenil motory Peugeot, Mugen uzavrel dvojročnú dohodu s Jordan Grand Prix. V sezóne 1998 sa na okruhu Spa-Francorchamps umiestnili na 1. mieste Damon Hill a Ralf Schumacher.
V roku 1999 Heinz-Harald Frentzen dvakrát zvíťazil a Jorden skončil na treťom mieste. V roku 2000 spoločnosť Honda Motor Company oznámila, že sa vracia do Formuly 1. Honda by v roku 2000 dodávala vlastné motory tímu British American Racing. Na konci sezóny 2000 sa spoločnosť Mugen stiahla z F1.
Preteky športových vozidiel
V roku 1998 vstúpila spoločnosť Mugen do pretekov športových vozidiel. Postavili niekoľko pretekárskych vozidiel NSX. V roku 2000 sa tím Mugen/Dome stal šampiónom.
V roku 2001 vyhral Mugen NSX v JGTC dvoje pretekov. V júni spoločnosť oznámila nový osemvalec s objemom 4,0 l. Model MF408S bol postavený pre hlavnú triedu prototypov v pretekoch 24 hodín Le Mans a American Le Mans Series.