Začiatok vlády
Viliam sa rozhodol pre korunováciu na Vianoce. Čiastočne preto, lebo si myslel, že Angličania sa budú v tento sviatočný deň menej búriť. Bola to tiež dobrá voľba, pretože veril, že je to Božia vôľa, aby sa stal kráľom. Viliam, ktorý sa stal kráľom, strávil niekoľko mesiacov v Anglicku. Potom sa vrátil do Normandie a zanechal Anglicko v rukách dvoch schopných mužov. Boli nimi jeho nevlastný brat Odo, biskup z Bayeux, a Viliam FitzOsbern. Odo sa stal grófom z Kentu, zatiaľ čo FitzOsbern sa stal grófom z Herefordu. Zvyšní traja anglickí grófi zostali na svojich miestach. Keď sa Viliam plavil späť do Normandie, bolo s ním mnoho jeho stúpencov. Mnohí z jeho vojakov, ktorí boli zaplatení, a ďalší, ktorých si chcel nechať na očiach. Boli to najmä anglický arcibiskup Stigand a Edgar Atheling. Priviezol so sebou aj svojich troch zvyšných anglických grófov, Edwina, Morcara a Waltheofa. Bolo to preto, aby nikto z nich nemohol začať vzburu, kým bude preč. Viliam mal doma povinnosti, o ktoré sa musel postarať. Aj mnohí jeho vojaci sa museli vrátiť, aby udržali vojvodstvo v bezpečí.
Keď sa Viliam v decembri 1067 vrátil do Londýna, začal zisťovať, aké problémy sa vyskytli počas jeho neprítomnosti. Hertfordshire bol napadnutý Mercianmi. Exeter potom neprijal vládu nového kráľa. Viliam vyzbieral peniaze zo všetkých častí Anglicka, ktoré boli ochotné platiť. Takisto zvolal anglické poplatky. Exeter sa vzdal po tom, ako bol jeden z jeho rukojemníkov oslepený. Po tom, ako si podmanil Devon a Cornwall, sa zdalo, že všetko je pokojné. Do Winchesteru Viliam poslal po svoju manželku Matildu, ktorá tam bola na Zelený štvrtok korunovaná za anglickú kráľovnú.
Do leta vypukli ďalšie povstania. V tom istom čase utekali z Anglicka ďalší. Edgar Atheling spolu s matkou a sestrami odišli do Škótska, kde ich privítali. Na severe sa okolo Yorku zhromažďovali silné protinormanské skupiny. Gróf Edwin a jeho brat Morcar opustili Viliamov dvor a pridali sa k povstalcom na severe. Viliam potom postavil hrad vo Warwicku. To spôsobilo, že grófi a ostatní sa Viliamovi podvolili. Nasledovali ďalšie hrady. Viliam potom vstúpil do Yorku, kde k nemu prišli ďalší a podvolili sa mu. Potom rokoval so škótskym kráľom, aby zabránil akýmkoľvek vpádom do Anglicka zo severu. Jeho ťaženie na severe však nebolo také účinné, ako si myslel. V roku 1069 prerástlo druhé povstanie do vojny. Muži, ktorých Viliam ponechal na čele, boli zabití. Malé normanské sily sa držali v Yorku, keď im Viliam prišiel na pomoc. Po vybudovaní ďalšieho hradu nechal Viliam na čele grófa Williama FitzOsberna. Nasledujúcich päť mesiacov bol na severe pokoj. Severní anglickí vodcovia však poslali správu kráľovi Sweinovi do Dánska, v ktorej mu ponúkli korunu, ak sa mu podarí poraziť Normanov. Swein poslal do Anglicka dánsku flotilu.
V lete roku 1069 sa pri pobreží Kentu objavila dánska flotila. Postupovala po pobreží smerom na sever a podnikala nájazdy. Viliam a jeho armáda boli na juhu a chránili sa pred akýmikoľvek nájazdmi. Nakoniec sa flotila pripojila k anglickým povstalcom na brehu rieky Humber. Všetci zostávajúci anglickí grófi opustili Viliama a pridali sa k spojeným anglicko-dánskym silám. Tí sa presunuli proti normanskej posádke v Yorku a okrem niekoľkých žien a detí všetkých pobili. Viliam Malet, Norman, ktorý žil v Anglicku pred rokom 1066, bol tiež ušetrený.
Harrying severu
Viliamova severná armáda bola zničená a York bol v troskách. V tom istom čase vypukli menšie povstania vo Walese a v juhozápadnom Anglicku. Viliam vedel, že má problémy. Začal zvolávať všetkých svojich veliteľov a vojsko, aby spojil svoje sily. Kráľ vedel, že s menšou armádou sa musí vysporiadať s jednou skupinou povstalcov naraz. Vyslal Viliama FitzOsberna a Briana Bretónskeho, aby sa vysporiadali s Exeterom. Samotný Viliam bojoval s armádou postupujúcou z východu. V oboch prípadoch normanské vojská zvíťazili. Teraz sa presunul na severné vojská, ktoré zničili York. Nedokázal sa však dostať ďalej na sever ako do Pontefractu. Po niekoľkotýždňových pokusoch Viliam podplatil dánsku flotilu, aby sa na zimu stiahla z Yorku. Súhlasili a vrátili sa do ústia rieky Humber, aby tam prezimovali. Viliam sa teraz mohol presunúť do Yorku. Prestaval tam hrady. Potom nechal svoje vojská rozptýliť a zničiť všetko, čo bolo užitočné pre anglickú a dánsku armádu, aby sa mohla živiť. Výsledkom bol rozsiahly hladomor a obyvatelia oblasti buď odišli, alebo zomreli hladom. Toto bolo Viliamovo neslávne známe obťažovanie severu. Výsledkom toho všetkého bola kapitulácia jeho anglických grófov a väčšiny povstalcov v Anglicku. Niekoľko zostávajúcich skupín bolo rýchlo rozdrvených Viliamovou armádou. Jedna skupina sa však ukázala ako tvrdohlavejšia. Tá sa nachádzala pri Chesteri a po nútenom pochode počas zimy ich Viliam prekvapil skôr, ako boli pripravení. Po ich kapitulácii tam postavil ďalšie dva hrady a potom sa vrátil do Winchesteru.
Vládnutie v Anglicku a Normandii
Viliam už nikdy nemusel spustošiť grófstvo tak, ako to urobil v Yorkshire. S hlavnými hrozbami svojej vlády sa vysporiadal, ale niektoré vyriešil len čiastočne. Dánska flotila sa vrátila v roku 1070, tentoraz pod vedením kráľa Swena. Pridali sa k malej skupine povstalcov na ostrove Ely, ktorú viedol Hereward Wake. Viliam opäť podplatil Dánov, aby odišli, a potom sa vysporiadal s povstalcami. O Herewardovi už nikdy nikto nepočul.
Viliam teraz musel vládnuť Anglicku aj Normandii. Zistil, že musí byť prítomný, aby mal veci pod kontrolou. Keď bol v Normandii, v Anglicku často vypukli problémy. Keď však bol v Anglicku, Normandii vládla jeho manželka Matilda. Fulk Rechin, nový gróf z Anjou, však vymanil Maine spod Viliamovej kontroly. Viliam si ju musel v roku 1073 vziať späť.
V roku 1082 Viliam zatkol svojho nevlastného brata Oda, biskupa z Bayeux a grófa z Kentu. Dôvody sú nejasné, ale Odo sa pokúšal zhromaždiť armádu, ktorá mala tiahnuť na Rím. Jeho plánom bolo stať sa ďalším pápežom. Viliam ho postavil pred súd na ostrove Wight. Okrem iných zločinov sa pokúšal zhromaždiť armádu medzi Viliamovými vojakmi. Ako Viliam zdôraznil, boli potrební na obranu Anglicka. Odo protestoval, že ho nemôže súdiť ani kráľ. Ako biskupa ho mohol súdiť iba pápež. Viliam odpovedal, že nezabavuje biskupa, ale svojho grófa, ktorého nechal počas svojej neprítomnosti na čele. Odo bol do konca života uväznený v Normandii.
V roku 1083 zomrela kráľovná Matilda a bola pochovaná v Caen. Obaja si boli veľmi blízki a nezhodli sa len v názore na svojho syna Roberta Curthoseho. Robert sa opakovane vzbúril proti svojmu otcovi, no napriek tomu udržiaval kontakt so svojou matkou. To medzi nimi spôsobilo rozkol. Filip I. Francúzsky považoval za ťažké, aby sa jeho vazal stal kráľom, ako bol on sám, a preto Viliama nenávidel. Keď sa Robert Curthose vzbúril proti svojmu otcovi a nebol dosť silný na to, aby sám bojoval proti Viliamovi, kráľ Filip mu pomohol.
V lete roku 1085 sa Viliam dozvedel, že dánsky kráľ Kanút IV. pripravuje flotilu na plavbu proti Anglicku. Viliam sa na jeseň vrátil do Anglicka s mnohými vojakmi. Musel im zaplatiť a nakŕmiť ich, čo ho stálo veľké náklady. Možno práve vtedy si uvedomil, že nemá žiadne záznamy o tom, čo mu ako kráľovi dlhujú. Nevedel, či vyberá všetky dane, ktoré mu patrili.
Kniha Domesday Book
Na svojom vianočnom dvore v Gloucesteri v roku 1085 požiadal Viliam, aby sa v každej časti Anglicka uskutočnil veľký prieskum. Kráľ chcel vedieť, koľko ľudí žije v jeho [kráľovstve|[ríši]]. Chcel vedieť, aká je veľkosť každého majetku, akú má hodnotu a aký je jeho výnos. Takýto prieskum sa v Anglicku nikdy predtým nerobil. Bol jedinečný svojimi podrobnosťami a prínosom pre anglickú históriu. Kniha Domesday Book bola prvým verejným záznamom v Anglicku.
Text knihy sa zmestil do dvoch zväzkov. Prvý sa týkal tridsaťjeden okresov. Kvôli svojej veľkosti sa nazývala "Veľký denár". Druhý zväzok zahŕňal grófstva Essex, Norfolk a Suffolk a nazýval sa "Malý deň Božieho kráľovstva". Skutočnosti zaznamenávali viaceré komisie zložené z biskupov a grófov. Každý panel zhromažďoval informácie o niekoľkých grófstvach. Viliamovi bola 1. augusta 1086 predložená rozsiahla zbierka písomných záznamov. Tá sa stala Domesday Book, hoci do kníh by bola zviazaná až o takmer ďalšie storočie.
Posledné roky
William zomrel v Rouene vo Francúzsku na následky zranení, ktoré utrpel pri páde z koňa, ktorého vlastnil.
