Už od začiatku existencie vakcín sa našli ľudia, ktorí nesúhlasili s myšlienkou používania vakcín. Väčšina vedcov a lekárov na celom svete sa zhoduje, že prínosy používania vakcín sú oveľa väčšie ako riziká. Nežiaduce účinky vakcín sú zriedkavé. Neočkovanie ľudí predstavuje oveľa väčšie riziko, pretože vakcíny zabraňujú utrpeniu a smrti v dôsledku infekčných chorôb.
V súvislosti s používaním vakcín sa viedli spory, napríklad o tom, či sú vakcíny bezpečné, o množstve výskumu a o tom, či je morálne správne nútiť ľudí, aby sa dali zaočkovať.
Niektoré náboženské skupiny nepovoľujú používanie vakcín.
Niektoré politické skupiny tvrdia, že ľudia by mali mať možnosť rozhodnúť sa, či sa dajú alebo nedajú zaočkovať. Tvrdia, že zákony, ktoré vyžadujú, aby sa ľudia dali zaočkovať, porušujú práva jednotlivca. V odpovedi na to sa v jednej štúdii uvádza: "Odmietanie očkovania nezvyšuje len individuálne riziko ochorenia, ale zvyšuje aj riziko pre celú komunitu".
Niektorí rodičia sa rozhodnú nedodržiavať pravidelný očkovací plán pre svoje deti. Jedna štúdia sa zaoberala rodičmi detí vo veku od šiestich mesiacov do šiestich rokov. Zistilo sa, že 13 % týchto rodičov uviedlo, že dodržiava alternatívny očkovací plán. Z týchto rodičov však menej ako 1 z 5 uviedol, že odmieta všetky vakcíny. Väčšina z nich odmietla len niektoré vakcíny a/alebo odložila niektoré vakcíny, kým dieťa nebolo staršie.
Rodičia, ktorí odkladajú očkovanie až do veku dieťaťa, sa často obávajú, že imunitný systém ich dieťaťa je príliš mladý a slabý na to, aby zvládol očkovanie viacerými vakcínami naraz.
