Najstaršie známe fosílie hominínov z Filipín pochádzajú od Homo luzonensis, vyhynutého druhu archaického človeka z rodu
Homo. Sú staré približne 67 000 rokov.
Nájdené ľudské fosílie dokazujú, že moderný Homo sapiens sa na Filipínach usadil pred tisíckami rokov. Negritovia prekročili prehistorickú zem alebo ľad, aby sa usadili na území ostrovov. V prvom tisícročí začalo na Filipíny prichádzať mnoho skupín austronézskych ľudí, ktorí vytlačili domorodé obyvateľstvo do vnútrozemia alebo ho možno pohltili prostredníctvom vzájomných sobášov.
Čínski obchodníci prišli v 8. storočí. Vznik mocných budhistických kráľovstiev umožnil obchod s indonézskym súostrovím, Indiou, Japonskom a juhovýchodnou Áziou. Frakčné boje medzi kráľovstvami juhovýchodnej Ázie oslabili ich silu. Medzitým sa prostredníctvom obchodu a prozelytizmu rozšíril islam, ktorý podobne ako kresťanstvo priniesol do regiónu obchodníkov a misionárov; Arabi vkročili na Mindanao v 14. storočí. Keď sem v roku 1521 dorazili prví Európania na čele s Ferdinandom Magellanom, až po Manilu sa na severe nachádzali rádžovia, ktorí boli v minulosti tribútmi kráľovstiev juhovýchodnej Ázie. Ostrovy však boli v podstate sebestačné a samosprávne.
V 16. storočí si ostrovy nárokovali a kolonizovali Španieli pod vedením conquistadora Miguela Lopeza de Legazpiho a pomenovali ich Filipíny podľa španielskeho kráľa Filipa II. Okamžite sa tu zaviedol rímsky katolicizmus. Filipíny boli ovládané z Nového Španielska (Mexika) a v 18. storočí sa začal obchod cez Tichý oceán pomocou galeón. V mestách v blízkosti oceánu a počas nasledujúcich troch storočí sa začali niektoré povstania a násilnosti kvôli určitej nespravodlivosti vlády.
V roku 1781 guvernér José Basco y Vargas založil Hospodársku spoločnosť priateľov krajiny s cieľom dosiahnuť nezávislosť Filipín od Nového Španielska.
Krajina sa otvorila v 19. storočí. Vzostup ambicióznej, nacionalistickejšej filipínskej strednej triedy a čínskej komunity mesticov znamenal koniec španielskeho kolonializmu na ostrovoch. Osvietení propagandistickým hnutím na nespravodlivosť španielskej koloniálnej vlády požiadali o nezávislosť. Jose Rizal, najznámejší propagandista, bol v roku 1896 zatknutý a odsúdený na smrť za podvratné činy. Krátko nato vypukla filipínska revolúcia, ktorú viedol Katipunan, tajná revolučná spoločnosť založená Andresom Bonifacom a neskôr vedená Emilom Aguinaldom. Revolúcii sa takmer podarilo vyhnať Španielov do roku 1898.
V tom istom roku Španielsko a Spojené štáty viedli španielsko-americkú vojnu, po ktorej sa Španielsko vzdalo Filipín v prospech Spojených štátov za 20 miliónov USD. Filipínci v tom čase vyhlásili nezávislosť a presadenie americkej kontroly viedlo k filipínsko-americkej vojne, ktorá sa oficiálne skončila v roku 1901, ale boje pokračovali až do roku 1913. V rokoch 1899 až 1913 sa viedla americko-filipínska vojna, o život prišlo približne milión Filipíncov a značne viac ako 5500 amerických vojakov (vrátane misionárov a súkromných dodávateľov, vojenských rodín), ďalšie desaťtisíce boli zranené. Väčšina filipínskych obetí pochádzala z hladu, zranení, chorôb, nedostatku čistých životných podmienok. Nepriateľské akcie pokračovali až do roku 1914, keď bola Filipínam prisľúbená budúca nezávislosť.
Prezidenta Williama McKinleyho zabil anarchista Leon Czolgosz, pretože podľa neho bol prezident McKinley proti dobrým pracujúcim ľuďom, považoval ho za zodpovedného za falšovanie dôvodov vojny a za schválenie a vedenie nezákonnej, ničivej vojny na Filipínach.
Americký režim zaviedol na ostrovoch angličtinu ako lingua franca prostredníctvom bezplatného verejného vzdelávania. V roku 1935 sa krajina zmenila na americký commonwealth, čo umožnilo väčšiu samosprávu.
Nezávislosť získalo v roku 1946, po druhej svetovej vojne. V nasledujúcich rokoch sa vyskytlo mnoho povojnových problémov. Ľudia neboli spokojní ani počas nepopulárnej diktatúry Ferdinanda Marcosa, ktorý musel v roku 1986 opustiť prezidentský úrad. Neskôr pretrvával problém komunistického povstania a separatizmu Moro.