Hmotnostný spektrometer sa zvyčajne používa jedným z dvoch spôsobov: Úplné skenovanie alebo selektívne monitorovanie iónov (SIM). Typický GC-MS môže pracovať samostatne alebo oboma spôsobmi súčasne.
Úplné skenovanie MS
Pri zbere údajov v režime úplného skenovania sa vyberie cieľový rozsah hmotnostných fragmentov a vloží sa do metódy prístroja. Príkladom typického širokého rozsahu sledovaných hmotnostných fragmentov je m/z 50 až m/z 400. Určenie rozsahu, ktorý sa má použiť, je do veľkej miery dané tým, čo sa očakáva vo vzorke, pričom sa berie do úvahy rozpúšťadlo a iné možné interferencie. Ak MS hľadá hmotnostné fragmenty s veľmi nízkymi m/z, môže odhaliť vzduch alebo iné možné rušivé faktory. Použitie veľkého rozsahu skenovania znižuje citlivosť prístroja. Prístroj vykoná menej skenovaní za sekundu, pretože každé skenovanie bude trvať dlhšie, aby sa zistil širší rozsah hmotnostných fragmentov.
Úplné skenovanie je užitočné pri stanovení neznámych zlúčenín vo vzorke. Poskytuje viac informácií ako SIM, keď ide o potvrdenie alebo rozlíšenie zlúčenín vo vzorke. Väčšina prístrojov je riadená počítačom, ktorý obsluhuje počítačový program nazývaný "metóda prístroja". Metóda prístroja riadi teplotu v GC, rýchlosť skenovania MS a rozsah veľkosti detegovaných fragmentov. Keď chemik vyvíja prístrojovú metódu, posiela testovacie roztoky cez GS-MS v režime úplného skenovania. Tým sa skontroluje retenčný čas GC a odtlačok hmotnostného fragmentu pred prechodom na prístrojovú metódu SIM. Špecializované prístroje GC-MS, ako napríklad detektory výbušnín, majú prístrojovú metódu predinštalovanú z výroby.
Monitorovanie vybraných iónov
Pri monitorovaní vybraných iónov (SIM) sa prístrojová metóda zameriava na určité iónové fragmenty. Hmotnostný spektrometer detekuje len tieto hmotnostné fragmenty. Výhodou SIM je, že detekčný limit je nižší, pretože prístroj počas každého skenovania sleduje len malý počet fragmentov (napr. tri fragmenty). Každú sekundu sa môže uskutočniť viac skenovaní. Keďže sa sleduje len niekoľko hmotnostne zaujímavých fragmentov, interferencie matrice sú zvyčajne nižšie. Na zvýšenie šance na správne odčítanie pozitívneho výsledku sú iónové pomery rôznych hmotnostných fragmentov porovnateľné so známym referenčným štandardom.
Typy ionizácie
Po prekonaní dĺžky kolóny, prechode cez prenosovú linku a vstupe do hmotnostného spektrometra sa molekuly ionizujú rôznymi metódami. Zvyčajne sa v danom čase používa len jedna ionizačná metóda. Keď je vzorka fragmentovaná, detekuje sa zvyčajne pomocou elektrónovej násobiacej diódy. Dióda spracúva ionizovaný hmotnostný fragment ako elektrický signál, ktorý sa potom detekuje.
Chemici si vyberajú techniku ionizácie oddelene od výberu monitorovania Full Scan alebo SIM.
Elektrónová ionizácia
Najbežnejším typom ionizácie je elektrónová ionizácia (EI). Molekuly vstupujú do MS (zdrojom je kvadrupól alebo samotná iónová pasca v MS s iónovou pascou), kde na ne dopadajú voľné elektróny emitované z vlákna. Ide o vlákno, ktoré sa nachádza v štandardnej žiarovke. Elektróny zasiahnu molekuly a spôsobia ich fragmentáciu charakteristickým spôsobom, ktorý sa môže opakovať. Výsledkom tejto techniky "tvrdej ionizácie" je vytvorenie väčšieho počtu fragmentov s nízkym pomerom hmotnosti a náboja (m/z). EI má len málo fragmentov, ak vôbec nejaké, ktoré majú hmotnosť blízku hmotnosti pôvodnej molekuly. Chemici považujú tvrdú ionizáciu za streľbu elektrónov do molekúl vzorky. Naproti tomu "mäkká ionizácia" je umiestnenie náboja na molekulu vzorky jej zasiahnutím zavedeným plynom. Vzor fragmentácie molekúl závisí od energie elektrónov aplikovanej na systém, zvyčajne 70 eV (elektrónvoltov). Použitie 70 eV pomáha porovnať spektrá vygenerované z testovanej vzorky so známymi spektrami z knižnice. (Knižničné spektrá môžu pochádzať zo softvéru dodaného výrobcom alebo zo softvéru vyvinutého Národným inštitútom pre štandardy (NIST-USA)). Softvér vyhľadáva spektrá z knižnice pomocou porovnávacieho algoritmu, ako je napríklad porovnávanie na základe pravdepodobnosti alebo porovnávanie bodového súčinu. Mnohé agentúry pre štandardizáciu metód v súčasnosti kontrolujú tieto algoritmy a metódy, aby sa zabezpečila ich objektivita.
Chemická ionizácia
Pri chemickej ionizácii (CI) sa do hmotnostného spektrometra vkladá plynné činidlo, zvyčajne metán alebo amoniak. Existujú dva typy CI: pozitívna CI alebo negatívna CI. V oboch prípadoch reagenčný plyn interaguje s elektrónmi a analytom a spôsobí "mäkkú" ionizáciu molekuly záujmu. Mäkká ionizácia fragmentuje molekulu v nižšej miere ako tvrdá ionizácia EI. Chemici uprednostňujú CI pred EI. Je to preto, že CI vytvára aspoň jeden hmotnostný fragment s hmotnosťou, ktorá je takmer rovnaká ako molekulová hmotnosť analyzovanej látky.
Pozitívna chemická ionizácia
Pri pozitívnej chemickej ionizácii (PCI) reagujúci plyn interaguje s cieľovou molekulou, najčastejšie výmenou protónov. Tým sa produkujú iónové druhy v relatívne vysokých množstvách.
Negatívna chemická ionizácia
Pri negatívnej chemickej ionizácii (NCI) plynné činidlo znižuje dopad voľných elektrónov na cieľový analyt. Táto znížená energia zvyčajne zanecháva fragment vo veľkej zásobe. (Fragmenty sa ďalej nerozpadajú.)
Výklad
Hlavným cieľom prístrojovej analýzy je zmerať množstvo látky. To sa vykonáva porovnaním relatívnych koncentrácií medzi atómovými hmotnosťami vo vytvorenom hmotnostnom spektre. Možné sú dva druhy analýzy, porovnávacia a pôvodná. Porovnávacia analýza v podstate porovnáva dané spektrum s knižnicou spektier, aby sa zistilo, či sú jeho charakteristiky prítomné pre nejakú známu vzorku v knižnici. Túto činnosť najlepšie vykonáva počítač, pretože v dôsledku zmien mierky môže dôjsť k mnohým vizuálnym skresleniam. Počítače môžu tiež korelovať viac údajov (napríklad retenčné časy identifikované GC), aby sa presnejšie prepojili určité údaje.
Iná metóda analýzy meria vrcholy vo vzájomnom vzťahu. Pri tejto metóde je najvyšší vrchol nastavený na 100 %. Ostatným píkom sa priradí hodnota rovnajúca sa pomeru výšky píku k výške najvyššieho píku. Priradia sa všetky hodnoty nad 3 %. Celková hmotnosť neznámej zlúčeniny sa zvyčajne uvádza pri materskom píku. Hodnota tohto materského píku sa môže použiť na dosadenie do chemického vzorca obsahujúceho rôzne prvky, o ktorých sa predpokladá, že sa v zlúčenine nachádzajú. Izotopový vzorec v spektre je jedinečný pre prvky, ktoré majú veľa izotopov. Môže sa teda použiť aj na identifikáciu rôznych prítomných prvkov. Týmto sa dá zistiť celkový chemický vzorec neznámej molekuly. Keďže štruktúra molekuly a väzby sa rozpadajú charakteristickými spôsobmi, možno ich identifikovať na základe rozdielu v hmotnostiach píkov. Identifikovaná štruktúra molekuly musí byť v súlade s charakteristikami zaznamenanými pomocou GC-MS. Zvyčajne sa táto identifikácia vykonáva automaticky pomocou počítačových programov, ktoré sa dodávajú s prístrojom. Tieto programy porovnávajú spektrá s knižnicou známych zlúčenín, ktoré majú rovnaký zoznam prvkov, ktoré by mohli byť prítomné vo vzorke.
Pri analýze "celého spektra" sa zohľadňujú všetky "vrcholy" v rámci spektra. Pri selektívnom monitorovaní iónov (SIM) sa však sledujú len vybrané píky spojené s konkrétnou látkou. Chemici predpokladajú, že v danom retenčnom čase je súbor iónov charakteristický pre určitú zlúčeninu. SIM je rýchla a efektívna analýza. SIM funguje najlepšie, keď má analytik predchádzajúce informácie o vzorke alebo hľadá len niekoľko špecifických látok. Keď sa množstvo získaných informácií o iónoch v danom plynovom chromatografickom píku zníži, citlivosť analýzy sa zvýši. SIM analýza teda umožňuje detekovať a merať menšie množstvo zlúčeniny. Znižuje sa však miera istoty o identite tejto zlúčeniny.
GC-tandemová MS
Ak sa pridá druhá fáza hmotnostnej fragmentácie, napríklad pomocou druhého kvadrupólu v kvadrupólovom prístroji, nazýva sa tandemová MS (MS/MS). MS/MS sú dobré na meranie nízkych hladín cieľových zlúčenín vo vzorke s matricou zlúčenín v pozadí, ktoré nie sú predmetom záujmu.
Prvý kvadrupól (Q1) je spojený s kolíznou bunkou (q2) a ďalším kvadrupólom (Q3). Oba kvadrupóly sa môžu používať v skenovacom alebo statickom režime v závislosti od typu použitej analýzy MS/MS. Medzi typy analýzy patrí skenovanie iónov produktu, skenovanie iónov prekurzora, monitorovanie vybraných reakcií (SRM) a skenovanie neutrálnych strát. Napríklad: Keď je Q1 v statickom režime (sleduje sa len jedna hmotnosť ako pri SIM) a Q3 je v skenovacom režime, získa sa tzv. produktové iónové spektrum (nazývané aj "dcérske spektrum"). Z tohto spektra možno vybrať výrazný produktový ión, ktorý môže byť produktovým iónom pre zvolený prekurzorový ión. Táto dvojica sa nazýva "prechod" a tvorí základ SRM. SRM je vysoko špecifická a takmer úplne eliminuje matricové pozadie.