George Washington Parke Custis bol vnukom Marthy Washingtonovej a vyrastal s Martou a Georgeom Washingtonovými. V roku 1802 získal pozemok, z ktorého je dnes Arlingtonský národný cintorín. Začal stavať Arlington House, kde žil so svojou manželkou Mary Lee Fitzhugh Custisovou. Pozemok a dom dostal ich jediný potomok, ktorý sa dožil dospelosti, Mary Anna Custis Leeová. Tá bola vydatá za Roberta E. Leeho, absolventa West Pointu a dôstojníka armády Spojených štátov. Keď bola pevnosť Fort Sumter na začiatku americkej občianskej vojny prinútená kapitulovať, prezident Abraham Lincoln požiadal Leeho, aby sa stal generálom federálnej armády. Lee neodpovedal hneď, ale počkal, či jeho rodný štát Virgínia opustí Úniu.
Lee opustil federálnu armádu, keď Virgínia vyhlásila, že opúšťa Spojené štáty. Rozhodol sa, že nemôže bojovať proti svojmu domovskému štátu. Stal sa veliteľom ozbrojených síl štátu Virgínia. Potom sa stal veliteľom armády Severnej Virgínie. Lee bol skvelý veliteľ a vyhral niekoľko bitiek proti silám Únie. Väčšina dôstojníkov Únie si myslela, že Lee porušil svoje sľuby Únii, pretože sa rozhodol bojovať proti nej. Časť Arlingtonu bola rodine Leeovcov odobratá a stal sa z nej cintorín. Sú tam pochovaní prevažne mŕtvi z Únie.
Pred občianskou vojnou neboli v Spojených štátoch veľké vojenské cintoríny. Významní generáli boli pochovaní na Kongresovom cintoríne spolu s ďalšími významnými vodcami. Americké vojenské cintoríny boli potrebné na vzdialených hraniciach a v blízkosti bitiek a nemocníc, kde zomieralo veľa vojakov. Keď mŕtvi vojaci z občianskej vojny zaplnili pohrebiská neďaleko Washingtonu, D. C., generál štvrťmajster Montgomery C. Meigs v roku 1864 navrhol, aby sa 200 akrov (81 hektárov) pozemku rodiny Roberta E. Leeho v Arlingtone zabralo na cintorín.
Počas občianskej vojny ľudia vymýšľali triky, ako zajať alebo znepríjemniť život Američanom, ktorí bojovali na druhej strane vojny. Vláda vymerala dane z nehnuteľností a trvala na tom, aby sa majitelia dostavili osobne, aby ich zaplatili. Ak sa majiteľ plantáže nedostavil, vláda pôdu predala. Vláda kúpila Arlington v daňovom výpredaji v roku 1864 za 26 800 dolárov. Pani Leeová sa osobne nedostavila, ale poslala agenta, aby zaplatil 92,07 dolára dane z nehnuteľnosti, ktorú za pozemok dlhovala. Vláda jej zástupcu odmietla prijať a odmietla zaplatiť daň. V roku 1874 Custis Lee, dedič na základe závetu svojho starého otca, ktorý odovzdal majetok do správy svojej matke, zažaloval Spojené štáty, ktoré si nárokovali vlastníctvo Arlingtonu. Po tom, ako Najvyšší súd USA rozhodol v prípade Spojené štáty proti Leeovi v pomere 5:4 v jeho prospech a rozhodol, že Arlington bol zabratý nezákonne, Kongres mu pozemok vrátil. Nasledujúci rok ho Custis Lee predal späť vláde za 150 000 dolárov. Custis Lee a Robert Todd Lincoln, minister vojny a syn prezidenta Lincolna, boli prítomní pri oficiálnom odovzdaní pozemku vláde.
V roku 2011 hurikán Irene zabil na cintoríne šesť veľkých stromov. V blízkosti hrobu Johna F. Kennedyho spadol 220-ročný Arlingtonský dub.